当前蛋白身份：K4FZF8
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10NM CRYO-EM STRUCTURE OF THE A149T DIMER VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP 提交 2026-01-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
|
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50mM HEPES, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.92 Å |
| 6UXH Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP 提交 2019-11-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.175 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 19.5% (w/v) PEG MME 2000
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分辨率 1.86 Å R-free 0.231 |
| 6UXI Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP-Glycine 提交 2019-11-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
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未记录 | PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.19 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 21% (w/v) PEG MME 2000, 20 mM glycine
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分辨率 2.10 Å R-free 0.223 |
| 6UXJ Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP-glycine and 5-formyltetrahydrofolate 提交 2019-11-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
|
未记录 | PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 FFO N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.24 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 20% (w/v) PEG MME 2000, 10 mM 5-formyl tetrahydrofolate, 20 mM glycine
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分辨率 1.40 Å R-free 0.194 |
| 9Y6B CRYSTAL STRUCTURE OF A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP-GLYCINE 提交 2025-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
|
突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T | PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic
20% w/v Polyethylene glycol 3,350
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分辨率 1.90 Å R-free 0.319 |
| 9YBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–471（471 aa）
链 B
1–471（471 aa）
链 C
1–471（471 aa）
链 D
1–471（471 aa）
|
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0
12% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.313 |
| 9YBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-17 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–471（471 aa）
链 F
1–471（471 aa）
|
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0
12% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.313 |