当前蛋白身份：O43426
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1W80 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, bound to 2 peptides from Synaptojanin170 提交 2004-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
1479–1490（12 aa）
片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490
链 Q
1460–1471（12 aa）
片段：PEPTIDE CONTAINING FXDXF MOTIF, RESIDUES 1460-1471
|
未记录 | BEN BENZAMIDINE × 1 CO3 CARBONATE ION × 3 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, 0.05M SODIUM CITRATE, pH 6.50
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分辨率 1.90 Å R-free 0.224 |
| 2DNR Solution structure of RNA binding domain in Synaptojanin 1 提交 2006-04-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
894–971（78 aa）
片段：RNA recognition motif
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.11mM 13C-15N PROTEIN, 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2VJ0 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, in complex with an FXDNF peptide from amphiphysin1 and a WVXF peptide from synaptojanin P170 提交 2007-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
1479–1490（12 aa）
片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490
|
未记录 | BEN BENZAMIDINE × 1 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL AND 0.05M SODIUM CITRATE PH 6.5
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.208 |
| 7A0V Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in complex with a nanobody 提交 2020-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
528–873（346 aa）
链 C
528–873（346 aa）
链 E
528–873（346 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；15% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% 2-propanol
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分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
528–873（346 aa）
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未记录 | IP9 (2R)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dioctanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol
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分辨率 2.73 Å R-free 0.257 |
| 7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
529–873（345 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.257 |
| 7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
529–873（345 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.257 |