当前蛋白身份：O60260
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1IYF Solution structure of ubiquitin-like domain of human parkin 提交 2002-08-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
片段：ubiquitin-like domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 1
NMR测量条件
pH 6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 1
NMR样品组成
0.1mM parkin ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.1mM parkin ubiquitin-like domain U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate buffer | 90% H2O, 10% D2O, 5%-DMPC/DHPC; 90% H2O, 10% D2O, 5%-DMPC/DHPC/CTAB
|
分辨率未提供 |
| 2JMO IBR domain of Human Parkin 提交 2006-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
308–384（77 aa）
片段：IBR-type 1 domain, residues 308-384
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.95；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl, 25 mM Na2HPO4；压力 ambient
NMR样品组成
0.2 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] IBR, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.033 mM DSS, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] IBR, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.033 mM DSS, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4BM9 Structure of the autoinhibited Parkin catalytic domain 提交 2013-05-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
137–465（329 aa）
片段：UPD AND RBR DOMAIN, RESIDUES 137-465
|
未记录 | ZN ZINC ION × 48 SO4 SULFATE ION × 18 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；1.6 M LITHIUM SULPHATE, 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM MES (PH 5.4)
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.218 |
| 4I1F Structure of Parkin-S223P E3 ligase 提交 2012-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
片段：R0RBR (UNP residues 141-465)
|
突变：S223P | ZN ZINC ION × 8 BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% PEG4000, 10% isopropanol, 10 mM barium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.245 |
| 4I1H Structure of Parkin E3 ligase 提交 2012-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
片段：R0RBR (UNP residues 141-465)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；283 K；0.1 M Tris, pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 383K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 5C1Z Parkin (UblR0RBR) 提交 2015-06-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；LiSO4, PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.212 |
| 5C1Z Parkin (UblR0RBR) 提交 2015-06-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；LiSO4, PEG3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.212 |
| 5C23 Parkin (S65DUblR0RBR) 提交 2015-06-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；PEG3350, LiSO4
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.241 |
| 5C23 Parkin (S65DUblR0RBR) 提交 2015-06-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；PEG3350, LiSO4
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.241 |
| 5C9V Structure of human Parkin G319A 提交 2015-06-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
137–465（329 aa）
片段：UNP residues 137-465
|
突变：G319A | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；1.8 M lithium sulphate, 0.01 M MgCl2, 0.05 M MES pH 5.6
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.229 |
| 5N2W WT-Parkin and pUB complex 提交 2017-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–83（83 aa）
链 A
144–465（322 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 TMO trimethylamine oxide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.243 |
| 5N38 S65DParkin and pUB complex 提交 2017-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–83（83 aa）
链 A
144–465（322 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 5TR5 Solution structure of Serine 65 phosphorylated UBL domain from parkin 提交 2016-10-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–76（76 aa）
片段：residues 1-76
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
300 uM [U-15N] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
300 uM [U-13C] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
400 uM pUBL, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 250 uM TCEP, 200 uM DSS, 300 uM imidazole, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6GLC Structure of phospho-Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2018-05-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–382（382 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.03 M of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulphate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na (pH 7.5)
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.205 |
| 6HUE ParkinS65N 提交 2018-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM BIS-TRIS pH 5.5, 200mM LiSO4 and 20% PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.255 |
| 6HUE ParkinS65N 提交 2018-10-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–465（465 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM BIS-TRIS pH 5.5, 200mM LiSO4 and 20% PEG3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.255 |
| 6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
144–465（322 aa）
|
突变：Q347C | ZN ZINC ION × 8 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8IK6 pUbl depleted Parkin complex with pUbiquitin 提交 2023-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
139–465（327 aa）
|
突变：R140P,Q347C,A383N,S384L,G385Y,T386F,T387Q,T388S | ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.270 |
| 8IK6 pUbl depleted Parkin complex with pUbiquitin 提交 2023-02-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
139–465（327 aa）
|
突变：R140P,Q347C,A383N,S384L,G385Y,T386F,T387Q,T388S | ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.270 |
| 8IKM Trans complex of phospho parkin 提交 2023-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
141–382（242 aa）
链 C
1–140（140 aa）
|
突变：Q347C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic, 0.3 M Ammonium sulfate,1.0 M 8.5 Tris (base), BICINE, 25% v/v MPD; 25% PEG 1000, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.233 |
| 8IKT Ternary trans-complex of phospho-parkin with cis ACT and pUb 提交 2023-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
77–382（306 aa）
链 C
1–76（76 aa）
|
突变：Q347C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3 M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic, 0.3 M Ammonium sulfate, Imidazole, MES monohydrate (acid), 25% v/v MPD, 25% PEG 1000, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.236 |
| 8IKV pUbl depleted phospho-Parkin(K211N,R163D) in complex with pUb 提交 2023-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
139–465（327 aa）
|
突变：R140P,R163D,K211N,Q347C | ZN ZINC ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.217 |
| 8IKV pUbl depleted phospho-Parkin(K211N,R163D) in complex with pUb 提交 2023-03-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
139–465（327 aa）
|
突变：R140P,R163D,K211N,Q347C | ZN ZINC ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.217 |
| 8JWV Untethered R0RBR 提交 2023-06-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 BA BARIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 8% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M BaCl2
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.254 |
| 8WZN ParkinK211N in complex with phospho NEDD8 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
|
突变：K211N | ZN ZINC ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M, MMT, 7.0, 25% w/v, PEG 1500
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 8WZO Parkin in complex with phospho NEDD8 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–465（325 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, 7.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.248 |