当前蛋白身份：O75143
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3WAN Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2013-05-06 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
436–447（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121
链 B
436–447（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 436-447, 2-121
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；12% MPD, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.227 |
| 3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
436–447（12 aa）
片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.294 |
| 3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
436–447（12 aa）
片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.294 |
| 3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
436–447（12 aa）
片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.294 |
| 3WAO Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3B_2-119 提交 2013-05-06 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
436–447（12 aa）
片段：RESIDUES 436-447, RESIDUES 2-119
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 10% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.294 |
| 3WAP Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125 提交 2013-05-06 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
436–447（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.273 |
| 3WAP Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125 提交 2013-05-06 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
436–447（12 aa）
片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.273 |
| 5C50 Crystal structure of the complex of human Atg101-Atg13 HORMA domain 提交 2015-06-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
12–200（189 aa）
片段：UNP residues 12-200
|
未记录 | BEN BENZAMIDINE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；19% PEG 3350, 0.5 M benzamidine, and
0.2 M lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.195 |
| 5XUY Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 5XUY Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 5XV1 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 5XV1 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 5XV3 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.283 |
| 5XV3 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.283 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV4 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 O
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.313 |
| 5XV6 Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA 提交 2017-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–190（190 aa）
片段：UNP residues 1-190
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.271 |
| 6HYN Structure of ATG13 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-10-22 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
441–454（14 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M NaCl, 10% PEG 8000, 0.1M Na K phosphate 6.2
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.185 |
| 8DO8 Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORMA dimer 提交 2022-07-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–197（197 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M
NaCl, 12% PEG8000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.251 |
| 8DO8 Crystal structure ATG9 HDIR in complex with the ATG13:ATG101 HORMA dimer 提交 2022-07-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–197（197 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 22 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M
NaCl, 12% PEG8000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.251 |
| 8SOI Structure of human ULK1 complex core (2:1:1 stoichiometry) 提交 2023-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
346–401（56 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8SQZ Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) in the PI3KC3-C1 mixture 提交 2023-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 E
363–517（155 aa）
链 F
363–517（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8SRM Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant 提交 2023-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 E
334–401（68 aa）
链 F
334–401（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.46 Å |