当前蛋白身份：O75151
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–70（70 aa）
片段：PHD finger
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.218 |
| 3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–70（70 aa）
片段：PHD finger
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.218 |
| 3PTR PHF2 Jumonji domain 提交 2010-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.229 |
| 3PU3 PHF2 Jumonji domain-NOG complex 提交 2010-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.294 |
| 3PU3 PHF2 Jumonji domain-NOG complex 提交 2010-12-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 21 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.294 |
| 3PU8 PHF2 Jumonji-NOG-Fe(II) complex 提交 2010-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.235 |
| 3PU8 PHF2 Jumonji-NOG-Fe(II) complex 提交 2010-12-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.235 |
| 3PUA PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.210 |
| 3PUS PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.232 |
| 3PUS PHF2 Jumonji-NOG-Ni(II) 提交 2010-12-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
60–451（392 aa）
片段：Jumonji domain (unp residues 60-451)
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；18-30% polyethylene glycol 3350 and 100 mM NaCitrate, pH 5.2-6.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.232 |
| 7M10 PHF2 PHD Domain Complexed with Peptide From N-terminus of VRK1 提交 2021-03-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–70（70 aa）
片段：PHD domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FMT FORMIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；292 K；3.5M Sodium Formate,100mM TRIS pH 8.2
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.165 |
| 8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–451（451 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate
90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3
4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.249 |
| 8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–451（451 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate
90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3
4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.06 Å R-free 0.249 |
| 8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–451（451 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate
90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3
4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.256 |
| 8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–451（451 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate
90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3
4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.256 |