当前蛋白身份：O95714
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KEO Solution NMR structure of human protein HS00059, cytochrome-b5-like domain of the HERC2 E3 ligase. Northeast structural genomics consortium (NESG) target ht98a 提交 2009-01-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1203–1296（94 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] hs00059-1, 10 mM TRIS-2, 300 mM sodium chloride-3, 10 uM ZnSO4-4, 10 mM DTT-5, 0.01 % NaN3-6, 10 mM benzamidine-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3KCI The third RLD domain of HERC2 提交 2009-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3951–4321（371 aa）
片段：UNP RESIDUES 3951-4321, RCC1-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290.9 K；20% PEG3350, 0.2mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.9K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.195 |
| 4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
417–790（374 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.238 |
| 4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
417–790（374 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.238 |
| 4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
417–790（374 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.238 |
| 6WW3 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with SUMO1 tail 提交 2020-05-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2702–2755（54 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 6WW3 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with SUMO1 tail 提交 2020-05-07 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2702–2755（54 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0 and 20% PEG 6000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2702–2751（50 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.243 |
| 6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2702–2751（50 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.243 |
| 7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.230 |
| 7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500
hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.255 |
| 7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500
hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.255 |
| 7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500
hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.255 |
| 7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.206 |
| 7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.265 |
| 7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.265 |
| 7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.265 |
| 7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2938–3342（405 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.245 |
| 7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.245 |
| 7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2941–3342（402 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop
20% PEG 3350
0.18M tris amonium citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.245 |
| 7RGW Crystal structure of HERC2 DOC domain 提交 2021-07-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2759–2914（156 aa）
片段：DOC domain (UNP residues 2759-2914)
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.213 |
| 9L8Y Crystal structure of HERC2 提交 2024-12-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2539–2700（162 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；289 K；0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.206 |
| 9L93 Crystal structure of NCOA4 in complex with HERC2 提交 2024-12-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2539–2700（162 aa）
|
未记录 | FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；18% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 20% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.207 |
| 9L93 Crystal structure of NCOA4 in complex with HERC2 提交 2024-12-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2539–2700（162 aa）
|
未记录 | FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；18% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 20% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.207 |