当前蛋白身份：P00746
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BIO HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH ISATOIC ANHYDRIDE INHIBITOR 提交 1998-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | SOA ISATOIC ANHYDRIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.4；pH 6.4
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.191 |
| 1DFP FACTOR D INHIBITED BY DIISOPROPYL FLUOROPHOSPHATE 提交 1997-02-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.8；INHIBITED PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12-16% PEG 6000 AND 0.2 M NACL,50MM MES BUFFER, PH=5.6-5.8.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.228 |
| 1DIC STRUCTURE OF 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN-INHIBITED FACTOR D 提交 1998-07-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | DIC 3,4-DICHLOROISOCOUMARIN × 1 O OXYGEN ATOM × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.6；pH 5.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.251 |
| 1DST MUTANT OF FACTOR D WITH ENHANCED CATALYTIC ACTIVITY 提交 1995-09-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
突变：S94Y, T214S, S215W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.8；pH 6.8
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1DSU HUMAN FACTOR D, COMPLEMENT ACTIVATING ENZYME 提交 1995-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.203 |
| 1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–253（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000
AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.251 |
| 1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
19–253（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000
AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.251 |
| 1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
19–253（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000
AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.251 |
| 1FDP PROENZYME OF HUMAN COMPLEMENT FACTOR D, RECOMBINANT PROFACTOR D 提交 1998-12-03 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
19–253（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 10-12% PEG-6000
AND 30MM MES (PH5.2). THE DROPS CONTAINED EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION
AND PROTEIN SOLUTION (10MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.251 |
| 1HFD HUMAN COMPLEMENT FACTOR D IN A P21 CRYSTAL FORM 提交 1998-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.4；pH 5.4
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.216 |
| 2XW9 Crystal Structure of Complement Factor D mutant S183A 提交 2010-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.176 |
| 2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.283 |
| 2XWA Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A 提交 2010-11-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.283 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 J
26–253（228 aa）
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
26–253（228 aa）
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 J
26–253（228 aa）
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 2XWB Crystal Structure of Complement C3b in complex with Factors B and D 提交 2010-11-01 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 I
26–253（228 aa）
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.7；PH 7.7
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.244 |
| 4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
片段：RESIDUES 26-253
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 4CBN Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement 提交 2013-10-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
片段：RESIDUES 26-253
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
片段：RESIDUES 26-253
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 4CBO Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after ensemble refinement 提交 2013-10-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
片段：RESIDUES 26-253
|
突变：YES | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH PH 6.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 5FBE COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND2 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
片段：UNP residues 26-253
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 5W5 methyl 2-[[[(2~{S})-2-[[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]carbonylamino]methyl]benzoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN SOLUTION: 18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl; RESERVOIR SOLUTION: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; SOAKING AND CRYO: ADDITION of 10 mM COMPOUND2 for 45 min FOLLOWED by the ADDITION OF 0.5 MICROLITER GLYCEROL AND FLASH FREEZING IN LIQUIT NITROGEN.
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.188 |
| 5FBI COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b 提交 2015-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 5WD 3-[(2-aminocarbonyl-1~{H}-indol-5-yl)oxymethyl]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 Microliter of protein solution was mixed with 1 microliter of reservoir solution. Protein solution: 18.3 mg/ml factor D, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM sodium chloride; Reservoir solution: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; Soaking and cryo: 0.5 ul 100 mM compound 3b in 90% DMSO was added to the crystal containing drop and incubated for 45 min followed by the addition of 0.5 ul glyerol and flash freezing in liquid nitrogen.
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.196 |
| 5FCK COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 5 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 5WC 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[[(1~{R})-1-(3-chloranyl-2-fluoranyl-phenyl)ethyl]carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]pyrazolo[3,4-c]pyridine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL FD solution (18 mg/mL FD, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM NaCl) was mixed with 1 uL reservoir solution (25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.0) and equilibrated against 1 mL reservoir solution.
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.237 |
| 5MT0 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE INDOLE CARBOXYLIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | QJS 5-fluoranyl-3-[[(1~{S},2~{S})-2-phenylcyclopropyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 6.5
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.196 |
| 5MT4 COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE BENZOIC ACID BASED INHIBITOR 提交 2017-01-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | M7O 2-[(phenylmethyl)carbamoylamino]benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEGME2000, 100mM Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.239 |
| 5NAR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 8RW (2~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL, 0.5MM NVP-BVT244-NX-1
+ 1 UL RESERVOIR SOLUTION
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.231 |
| 5NAT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-Pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-methyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 8RT (2~{S})-~{N}1-(1-methylindol-3-yl)-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；MM NACL
+ 1 UL RESERVOIR SOLUTION
|
分辨率 1.17 Å |
| 5NAW Complement factor D in complex with the inhibitor (1R,3S,5R)-2-Aza-bicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxylic acid 2-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 3-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-02-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 8RZ (1~{R},3~{S},5~{R})-~{N}2-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-~{N}3-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexane-2,3-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；27% PEG 3350
100 mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.178 |
| 5NB6 Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4S)-4-Amino-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 8S2 (2~{S},4~{S})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-azanyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.297 |
| 5NB7 Complement factor D 提交 2017-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 8NQ 1-[2-[(1~{R},3~{S},5~{R})-3-[(6-bromanylpyridin-2-yl)carbamoyl]-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]indazole-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；22% PEG 3350, 0.1 m HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.196 |
| 5NBA Complement factor D in complex with the inhibitor (2S,4R)-4-Fluoro-pyrrolidine-1,2-dicarboxylic acid 1-[(1-carbamoyl-1H-indol-3-yl)-amide] 2-[(3-trifluoromethoxy-phenyl)-amide] 提交 2017-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | 8S5 (2~{S},4~{R})-~{N}1-(1-aminocarbonylindol-3-yl)-4-fluoranyl-~{N}2-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]pyrrolidine-1,2-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.260 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCA Complement Factor D inhibited with JH3 提交 2016-09-14 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J55 1-(2-{(2S)-2-[(6-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-1,3-thiazolidin-3-yl}-2-oxoethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.264 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 5TCC Complement Factor D inhibited with JH4 提交 2016-09-14 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
26–253（228 aa）
片段：residues 26-253
|
未记录 | J56 (2S)-N-(6-bromopyridin-2-yl)-3-[(1H-indazol-1-yl)acetyl]-1,3-thiazolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5 and 25% PEG 8000
|
分辨率 3.37 Å R-free 0.260 |
| 6FTY COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 5 提交 2018-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E7H 4-[[(5~{S},7~{R})-3-azanyl-1-adamantyl]carbonylamino]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.214 |
| 6FTZ COMPLEMENT FACTOR D COMPLEXED WITH COMPOUND 6 提交 2018-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E7E ~{N}4-[3-(aminomethyl)phenyl]-1~{H}-indole-2,4-dicarboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.220 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUG Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
26–253（228 aa）
|
未记录 | E85 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 6FUH Complement factor D in complex with the inhibitor (4-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)quinazolin-2-yl)-L-valine 提交 2018-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E88 (2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]-3-methyl-butanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM NH4SO2, 2 mM inhibitor
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.180 |
| 6FUI Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol 提交 2018-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E7W (1~{R},2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.198 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
|
未记录 | E8B ~{N}-[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]-3-methyl-butanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUJ Complement factor D in complex with the inhibitor N-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methylbutanamide 提交 2018-02-27 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
26–253（228 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 2 mM inhibitor
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.244 |
| 6FUT Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-3'-(aminomethyl)-N-(1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide 提交 2018-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | E82 3-[3-(aminomethyl)phenyl]-~{N}-[(1~{S})-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]benzamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22-25% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.184 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMR Complement factor D in complex with the inhibitor (S)-2-(2-((3'-(1-amino-2-hydroxyethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
2–253（252 aa）
|
未记录 | J6T 2-[2-[[3-[3-[(1~{S})-1-azanyl-2-oxidanyl-ethyl]phenyl]phenyl]methoxy]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M sodium thiocyanate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.256 |
| 6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–253（252 aa）
|
未记录 | J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.231 |
| 6QMT Complement factor D in complex with the inhibitor 2-(2-(3'-(aminomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamido)phenyl)acetic acid 提交 2019-02-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–253（252 aa）
|
未记录 | J7B 2-[2-[[3-[3-(aminomethyl)phenyl]phenyl]carbonylamino]phenyl]ethanoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEGME 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.231 |
| 6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Z
26–253（228 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.265 |
| 6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
26–253（228 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.265 |
| 6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
26–253（228 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.265 |
| 6VMJ Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 W
26–253（228 aa）
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.265 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 W
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 d
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 g
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 j
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 13 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 m
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 14 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 p
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 15 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 s
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 16 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 v
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 N
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 T
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 6VMK Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 提交 2020-01-28 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 a
26–253（228 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.215 |
| 8D95 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | QIE N-(6-bromopyridin-2-yl)-1-[(3-cyanophenyl)acetyl]-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；PEG 6k
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.263 |
| 8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.300 |
| 8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
26–253（228 aa）
|
未记录 | R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.300 |
| 8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
26–253（228 aa）
|
未记录 | R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.300 |
| 8DEA Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-20 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
26–253（228 aa）
|
未记录 | R7X 1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；peg4k 25% , 0.1M MES 5.8 buffer
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.300 |
| 8DG6 Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors 提交 2022-06-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–253（228 aa）
|
未记录 | S7X 1-{2-[(2S)-2-{[(3-chloro-2-fluorophenyl)methyl]carbamoyl}pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}-1H-indazole-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；300 K；peg4k 20-30%
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.251 |