当前蛋白身份：P00747
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B2I KRINGLE 2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN: NMR SOLUTION STRUCTURE OF TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID (AMCHA) COMPLEX 提交 1999-09-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
181–263（83 aa）
片段：KRINGLE 2 DOMAIN
|
突变：C181T, E182S, C188G | AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.1；310 K；离子强度（mmCIF原始值）SEE PAPER；压力 AMBIENT
NMR样品组成
90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B
561–810（250 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A 突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.291 |
| 1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.291 |
| 1BML COMPLEX OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PLASMIN AND STREPTOKINASE 提交 1999-05-25 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.291 |
| 1BUI Structure of the ternary microplasmin-staphylokinase-microplasmin complex: a proteinase-cofactor-substrate complex in action 提交 1998-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
片段：Peptidase S1 catalytic domain
链 B
561–810（250 aa）
片段：Peptidase S1 catalytic domain
|
未记录 | 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.287 |
| 1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
100–187（88 aa）
片段：KRINGLE 1
|
未记录 | ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.06 Å |
| 1CEA THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH EACA (EPSILON-AMINOCAPROIC ACID) 提交 1995-12-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
100–187（88 aa）
片段：KRINGLE 1
|
未记录 | ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.06 Å |
| 1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
100–187（88 aa）
片段：KRINGLE 1
|
未记录 | AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.07 Å |
| 1CEB THE STRUCTURE OF THE NON-COVALENT COMPLEX OF RECOMBINANT KRINGLE 1 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN WITH AMCHA (TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID) 提交 1995-12-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
100–187（88 aa）
片段：KRINGLE 1
|
未记录 | AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.07 Å |
| 1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
564–810（247 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
564–810（247 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1DDJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN 提交 1999-11-10 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
564–810（247 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：S741A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1HPJ SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, 12 STRUCTURES 提交 1996-08-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
103–181（79 aa）
片段：KRINGLE 1 DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.3；310 K
|
分辨率未提供 |
| 1HPK SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 1 DOMAIN COMPLEXED WITH 6-AMINOHEXANOIC ACID AT PH 5.3, 310K, DERIVED FROM RANDOMLY GENERATED STRUCTURES USING SIMULATED ANNEALING, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-08-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
103–181（79 aa）
片段：KRINGLE 1 DOMAIN
|
未记录 | ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.3；310 K
|
分辨率未提供 |
| 1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
183–262（80 aa）
片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN
链 B
183–262（80 aa）
片段：MODIFIED RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN
|
突变：C4G/E56D/L72Y 突变：C4G/E56D/L72Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 1KI0 The X-ray Structure of Human Angiostatin 提交 2001-12-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
100–352（253 aa）
|
突变：N289E | BCN BICINE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；PEG 20,000, bicine, dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 1KRN STRUCTURE OF KRINGLE 4 AT 4C TEMPERATURE AND 1.67 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-06-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
374–461（88 aa）
片段：KRINGLE 4 DOMAIN
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
CRYSTALLIZED FROM BASA (BENZYL AMIN SULFONIC ACID) BUT ONLY SULFATE VISIBLE IN THE STRUCTURE.
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.232 |
| 1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变：S741A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变：S741A | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 1L4D CRYSTAL STRUCTURE OF MICROPLASMINOGEN-STREPTOKINASE ALPHA DOMAIN COMPLEX 提交 2002-03-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, Residues 543-791
|
突变：S741A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Li2SO4, Hepes, Mg Acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
563–810（248 aa）
片段：Catalytic domain, Residues 544-791
|
突变：S741A | CD CADMIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 1L4Z X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MICROPLASMINOGEN WITH ALPHA DOMAIN OF STREPTOKINASE IN THE PRESENCE CADMIUM IONS 提交 2002-03-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
563–810（248 aa）
片段：Catalytic domain, Residues 544-791
|
突变：S741A | CD CADMIUM ION × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na acetate, cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 1PK4 CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 4 REFINED AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
376–454（79 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å |
| 1PKR THE STRUCTURE OF RECOMBINANT PLASMINOGEN KRINGLE 1 AND THE FIBRIN BINDING SITE 提交 1993-08-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
101–181（81 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.48 Å |
| 1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
374–461（88 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å |
| 1PMK KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
374–461（88 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å |
| 1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
565–810（246 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：M585Q, V673M, M788L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
565–810（246 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：M585Q, V673M, M788L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
565–810（246 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：M585Q, V673M, M788L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1QRZ CATALYTIC DOMAIN OF PLASMINOGEN 提交 1999-06-16 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
565–810（246 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：M585Q, V673M, M788L | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变：K698M, R561A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变：K698M, R561A | SO4 SULFATE ION × 192 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 1RJX Human PLASMINOGEN CATALYTIC DOMAIN, K698M MUTANT 提交 2003-11-20 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
片段：Serine Protease CATALYTIC DOMAIN
|
突变：K698M, R561A | SO4 SULFATE ION × 48 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 5.6；293 K；Li2SO4, Na citrate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 2DOH The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound a to a peptide from the group A streptococcal surface protein PAM 提交 2006-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 X
100–333（234 aa）
片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变：N289E | DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phosphate (dihydrate), 5% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 X
100–333（234 aa）
片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变：N289E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
100–333（234 aa）
片段：Kringle 1,Kringle 2 and Kringle 3
|
突变：N289E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 2KNF Solution structure and functional characterization of human plasminogen kringle 5 提交 2009-08-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
480–562（83 aa）
|
突变：A14V | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM sodium phosphate, 11 mM AMCHA, 2.2 mM rK5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L0S Solution Structure of Human Plasminogen Kringle 3 提交 2010-07-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
272–354（83 aa）
片段：UNP residues 272-354, Kringle 3 Domain
|
突变：C43S | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR测量条件
298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
1.0 mM [U-97% 15N] hPgn rK3-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2PK4 THE REFINED STRUCTURE OF THE EPSILON-AMINOCAPROIC ACID COMPLEX OF HUMAN PLASMINOGEN KRINGLE 提交 1991-07-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
375–454（80 aa）
|
未记录 | ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.25 Å |
| 3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
564–810（247 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.258 |
| 3UIR Crystal structure of the plasmin-textilinin-1 complex 提交 2011-11-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.17M ammonium sulfate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.258 |
| 4A5T STRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION 提交 2011-10-28 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 S
20–810（791 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.49 Å R-free 0.250 |
| 4CIK plasminogen kringle 1 in complex with inhibitor 提交 2013-12-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
101–181（81 aa）
片段：KRINGLE 1, RESIDUES 101-181
|
未记录 | XO3 5-[(2R,4S)-2-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]-1,2-oxazol-3-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.78 Å R-free 0.292 |
| 4DCB Y. pestis Plasminogen Activator Pla in Complex with Human Plasminogen Activation Loop Peptide ALP11 提交 2012-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
576–585（10 aa）
|
未记录 | MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.2 M NH4KH2PO4 and 0.1M NaOAc, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.232 |
| 4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–810（791 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.215 |
| 4DUR The X-ray Crystal Structure of Full-Length type II Human Plasminogen 提交 2012-02-22 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
20–810（791 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate, 0.2M sodium acetate, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.215 |
| 4DUU The X-ray Crystal Structure of Full-Length type I Human Plasminogen 提交 2012-02-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–810（791 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；2M sodium formate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.20 Å R-free 0.312 |
| 5HPG STRUCTURE AND LIGAND DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE 5 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN 提交 1997-09-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
480–563（84 aa）
片段：KRINGLE 5
链 B
480–563（84 aa）
片段：KRINGLE 5
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；24% (W/V) PEG 8000, 0.1 M NA-HEPES, PH 7.0, 0.15 M LI2(SO4)
|
分辨率 1.66 Å |
| 5UGD Protease Inhibitor 提交 2017-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
片段：UNP residues 562-810
|
未记录 | 89S Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(pyridin-4-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000,
4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol,
0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.182 |
| 5UGG Protease Inhibitor 提交 2017-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
片段：UNP residues 562-810
|
未记录 | 89M Nalpha-[trans-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carbonyl]-N-octyl-O-[(quinolin-2-yl)methyl]-L-tyrosinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；10 % (w/v) polyethylene glycol 6,000,
4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol,
0.1M (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.176 |
| 6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
565–810（246 aa）
片段：UNP residues 565-810
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 6D3X Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
565–810（246 aa）
片段：UNP residues 565-810
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 6D3Y Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
564–810（247 aa）
片段：UNP residues 564-810
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M 2-ethanesulfonic acid, 0.15 M ammonium sulfate, 13% PEG4000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.213 |
| 6D3Z Protease SFTI complex 提交 2018-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
565–810（246 aa）
片段：UNP residues 565-810
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium formate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.203 |
| 6D40 Highly Potent and Selective Plasmin Inhibitors Based on the Sunflower Trypsin Inhibitor-1 Scaffold Attenuate Fibrinolysis in Plasma 提交 2018-04-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
563–810（248 aa）
片段：UNP residues 563-810
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG4000, 0.1 M MES, 0.15 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.210 |
| 6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
183–264（82 aa）
片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)
链 B
183–264（82 aa）
片段：Kringle 2 domain (UNP residues 183-264)
|
突变：C169A 突变：C169A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.220 |
| 6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
562–810（249 aa）
|
未记录 | WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate,
100 mM MgCl2,
18% PEG 4000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.287 |
| 6Q1U Structure of plasmin and peptide complex 提交 2019-08-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
562–810（249 aa）
|
未记录 | WMH 1-methyl-1H-1,2,3-triazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM Sodium Citrate,
100 mM MgCl2,
18% PEG 4000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.287 |
| 6UZ4 Solution structure of AGL55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
185–262（78 aa）
|
突变：C11G, E63D, L79Y | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] AGL55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM AGL55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6UZ5 Solution structure of KTI55-Kringle 2 complex 提交 2019-11-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
185–262（78 aa）
|
突变：C11G, E63D, L79Y | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KTI55, 1.2 mM Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Kringle 2, 1.2 mM KTI55, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7E50 Crystal structure of human microplasmin in complex with kazal-type inhibitor AaTI 提交 2021-02-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
564–810（247 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M Ammonium formate, 20 % polyethylene glycol 3350 pH 6.6
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.275 |
| 7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.208 |
| 7THS Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-01-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | I5Y (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 I5Q (2S)-butane-1,2-diol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.208 |
| 7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.192 |
| 7UAH Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-03-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | M63 (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES, 10% 1,2-butanediol
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.192 |
| 8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.189 |
| 8F7U Macrocyclic Plasmin Inhibitor 提交 2022-11-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
|
突变：S760A | GGI (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.189 |
| 8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
|
未记录 | EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.187 |
| 8F7V Macrocyclic plasmin inhibitor 提交 2022-11-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
|
未记录 | EUA (6S,9R,19S,22R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-22-[(benzenesulfonyl)amino]-3,12,21-trioxo-2,6,9,13,20-pentaazatetracyclo[22.2.2.2~6,9~.2~14,17~]dotriaconta-1(26),14,16,24,27,29-hexaene-19-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.187 |
| 8UQ6 Human Plasminogen bound to streptococcal surface enolase 提交 2023-10-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–810（791 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 9AZK Macrocyclic inhibitors targeting the prime site of the fibrinolytic serine protease plasmin 提交 2024-03-11 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
561–810（250 aa）
片段：serine protease domain (UNP residues 561-810)
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未记录 | A1AHR (1r,4S)-4-(aminomethyl)-N-[(24S)-5-methyl-8,11,16,23-tetraoxo-7,10,15,22-tetraazatetracyclo[24.2.2.2~18,21~.1~2,6~]tritriaconta-1(28),2(33),3,5,18,20,26,29,31-nonaen-24-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic
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分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |