当前蛋白身份：P02931
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BT9 OMPF PORIN MUTANT D74A 提交 1998-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：D74A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.0
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.269 |
| 1GFM OMPF PORIN (MUTANT D113G) 提交 1996-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：D113G | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.50 Å |
| 1GFN OMPF PORIN DELETION (MUTANT DELTA 109-114) 提交 1996-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：DEL(109-114) | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.10 Å |
| 1GFO OMPF PORIN (MUTANT R132P) 提交 1996-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：R132P | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 1GFP OMPF PORIN (MUTANT R42C) 提交 1996-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：R42C | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å |
| 1GFQ OMPF PORIN (MUTANT R82C) 提交 1996-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：R82C | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1HXT OMPF PORIN MUTANT NQAAA 提交 2001-01-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：R42A,R82A,D113N,E117Q,R132A | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 30 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å R-free 0.289 |
| 1HXU OMPF PORIN MUTANT KK 提交 2001-01-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：V18K,G131K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.264 |
| 1HXX OMPF PORIN MUTANT Y106F 提交 2001-01-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：Y106F | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 12 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 1MPF STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ALTERATIONS OF A COLICIN RESISTANT MUTANT OF OMPF-PORIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1994-08-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
链 F
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 2OMF OMPF PORIN 提交 1995-02-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å |
| 2ZFG Structure of OMPF PORIN 提交 2008-01-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.59 Å R-free 0.218 |
| 2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å R-free 0.294 |
| 3FYX The Structure of OmpF porin with a synthetic dibenzo-18-crown-6 as modulator 提交 2009-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
突变：K16C | 451 N-(6,7,9,10,17,18,20,21-octahydrodibenzo[b,k][1,4,7,10,13,16]hexaoxacyclooctadecin-2-yl)acetamide × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.2 M CaCl2, 48% PEG 400, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.294 |
| 3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.300 |
| 3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–362（362 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.300 |
| 3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
链 B
1–362（362 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.300 |
| 3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 42 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–362（362 aa）
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 15 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
链 B
1–362（362 aa）
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 19 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.285 |
| 3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 B
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 C
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.288 |
| 3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 E
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 F
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.288 |
| 3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 H
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 I
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.288 |
| 3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 K
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 L
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.79 Å R-free 0.288 |
| 3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 B
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
链 C
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 4.39 Å R-free 0.329 |
| 3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
23–362（340 aa）
片段：sequence database residues 1-340
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 4.39 Å R-free 0.329 |
| 4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.283 |
| 4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
链 F
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.283 |
| 4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.239 |
| 4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.239 |
| 4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | 0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | 0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | 1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.227 |
| 4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP Residues 23-362
|
未记录 | 1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.227 |
| 4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.314 |
| 4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
链 F
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.314 |
| 4LSE Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M NaBr 提交 2013-07-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
链 C
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.290 |
| 4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 9 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.298 |
| 4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 12 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.298 |
| 4LSH Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr 提交 2013-07-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.293 |
| 4LSH Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr 提交 2013-07-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | BR BROMIDE ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.293 |
| 4LSI Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.3M KBr 提交 2013-07-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
链 B
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
链 C
23–362（340 aa）
片段：UNP residues 23-362
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.3 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.245 |
| 5NUO Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 20 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.269 |
| 5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
|
未记录 | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.306 |
| 5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
链 D
23–362（340 aa）
链 F
23–362（340 aa）
|
未记录 | C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.306 |
| 5NUR Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
链 E
23–362（340 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.259 |
| 6WTZ Cryo-EM structure of E. Coli OmpF 提交 2020-05-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
链 B
1–362（362 aa）
链 C
1–362（362 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 6ZHP Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–362（362 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 6 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；22 % PEG 2000, 0.25 M MgCl2, 0.1 M Tris
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.207 |
| 6ZHV Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
链 B
1–362（362 aa）
链 C
1–362（362 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 12 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；50% PEG 200, 0.2 M MgCl2, 0.1 M NaCacodylate
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.233 |
| 7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane
|
分辨率 3.70 Å |
| 7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
链 B
23–362（340 aa）
链 C
23–362（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane
|
分辨率 4.70 Å |
| 8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–362（362 aa）
链 B
1–362（362 aa）
链 C
1–362（362 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400
copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine
|
分辨率 3.52 Å R-free 0.255 |
| 8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–362（362 aa）
链 E
1–362（362 aa）
链 F
1–362（362 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400
copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine
|
分辨率 3.52 Å R-free 0.255 |
| 9J9L artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Zn) 提交 2024-08-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 BCN BICINE × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Bicine pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.278 |
| 9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.221 |
| 9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.221 |
| 9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.250 |
| 9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.250 |
| 9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.239 |
| 9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.239 |
| 9J9P artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 3 (M3:Zn) 提交 2024-08-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
23–362（340 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
|
分辨率 3.47 Å R-free 0.266 |