当前蛋白身份：P03211
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1VHI EPSTEIN BARR VIRUS NUCLEAR ANTIGEN-1 DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 470-607 提交 1996-10-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
466–607（142 aa）
片段：DNA-BINDING AND DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 470 - 607
链 B
466–607（142 aa）
片段：DNA-BINDING AND DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 470 - 607
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, 50 MM MES PH 6.0 AND 100 MM NACL. SEE REFERENCE 1 FOR MORE DETAILS., vapor diffusion - hanging drop
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分辨率 2.50 Å |
| 2FYY The role of T cell receptor alpha genes in directing human MHC restriction 提交 2006-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；17% PEG 3350, 100mM cacodylate, 200mM ammonium acetate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 1.50 Å R-free 0.236 |
| 2FZ3 The role of T cell receptor alpha genes in directing human MHC restriction 提交 2006-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；17% PEG 3350, 100mM cacodylate, 200mM ammonium acetate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.275 |
| 3MV7 Crystal Structure of the TK3 TCR in complex with HLA-B*3501/HPVG 提交 2010-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；15%PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.286 |
| 3MV8 Crystal Structure of the TK3-Gln55His TCR in complex with HLA-B*3501/HPVG 提交 2010-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；15%PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.276 |
| 3MV9 Crystal Structure of the TK3-Gln55Ala TCR in complex with HLA-B*3501/HPVG 提交 2010-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；15%PEG 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.331 |
| 4PRA Crystal structure of a HLA-B*35:01-HPVG-Q5 提交 2014-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
片段：unp residues 407-417
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；16% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
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分辨率 1.85 Å R-free 0.225 |
| 4PRE Crystal structure of a HLA-B*35:08-HPVG-Q5 提交 2014-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
片段：unp residues 407-417
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；16% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
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分辨率 1.65 Å R-free 0.202 |
| 4PRI Crystal structure of TK3 TCR-HLA-B*35:08-HPVG complex 提交 2014-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；18% PEG 3350, 0.2M LiSO4 and 0.1M Na-Citrate pH 5.6, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 4PRP Crystal structure of TK3 TCR-HLA-B*35:01-HPVG-Q5 complex 提交 2014-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
407–417（11 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；298 K；18% PEG 3350, 0.2M LiSO4 and 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
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分辨率 2.50 Å R-free 0.229 |
| 5WMF Crystal structure of the Hexameric Ring of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1 提交 2017-07-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
470–619（150 aa）
链 B
470–619（150 aa）
链 C
470–619（150 aa）
链 D
470–619（150 aa）
链 E
470–619（150 aa）
链 F
470–619（150 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Concentrated EBNA1 was diluted 1:1 in a solution containing 50 mM morpholineethanesulfonic acid (MES) (pH 6.5) and 800 mM sodium formate.
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分辨率 1.90 Å R-free 0.276 |
| 5WUM Crystal structure of mouse importin-alpha1 bound to S385-phosphorylated NLS of EBNA1 提交 2016-12-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
378–386（9 aa）
片段：UNP RESIDUES 378-386
链 C
378–386（9 aa）
片段：UNP RESIDUES 378-386
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；MES, sodium citrate, DTT
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.211 |
| 5WUN Crystal structure of mouse importin-alpha1 bound to non-phosphorylated NLS of EBNA1 提交 2016-12-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
378–386（9 aa）
片段：UNP RESIDUES 378-386
链 C
378–386（9 aa）
片段：UNP RESIDUES 378-386
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；MES, sodium citrate, DTT
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.204 |
| 6NPI Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments 提交 2019-01-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
471–607（137 aa）
链 B
471–607（137 aa）
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未记录 | 60Q 2-pyrrol-1-ylbenzoic acid × 1 KW1 ({2-[(4-bromo-5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)amino]-2-oxoethyl}sulfanyl)acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50 mM MES, pH 6.5, and 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.163 |
| 6NPM Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments 提交 2019-01-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
471–607（137 aa）
链 B
471–607（137 aa）
|
未记录 | KVD 5-(phenylethynyl)pyridine-3-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.170 |
| 6NPP Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments 提交 2019-01-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
471–607（137 aa）
|
未记录 | KWG 3-(phenylethynyl)-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.184 |
| 6PW2 Structural Basis for Cooperative Binding of EBNA1 to the Epstein-Barr Virus Dyad Symmetry Minimal Origin of Replication 提交 2019-07-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
461–607（147 aa）
链 B
461–607（147 aa）
链 C
461–607（147 aa）
链 D
461–607（147 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；298 K；200 mM sodium malonate, 24% PEG 3350
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.277 |
| 6PW2 Structural Basis for Cooperative Binding of EBNA1 to the Epstein-Barr Virus Dyad Symmetry Minimal Origin of Replication 提交 2019-07-22 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 I
461–607（147 aa）
链 J
461–607（147 aa）
链 K
461–607（147 aa）
链 L
461–607（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；298 K；200 mM sodium malonate, 24% PEG 3350
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.277 |
| 6VH6 Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragment 提交 2020-01-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
470–607（138 aa）
链 B
470–607（138 aa）
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未记录 | QX4 4-hydroxy-6-methyl-2H-1-benzopyran-2-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.161 |
| 7KE3 Heavy chain ferritin with C-terminal EBNA1 epitope 提交 2020-10-10 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
407–417（11 aa）
链 B
407–417（11 aa）
链 C
407–417（11 aa）
链 D
407–417（11 aa）
链 E
407–417（11 aa）
链 F
407–417（11 aa）
链 G
407–417（11 aa）
链 H
407–417（11 aa）
链 I
407–417（11 aa）
链 J
407–417（11 aa）
链 K
407–417（11 aa）
链 L
407–417（11 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 FE FE (III) ION × 40 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1M HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine M-600 pH 7.0
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 7KE5 Heavy chain ferritin with N-terminal EBNA1 epitope 提交 2020-10-10 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 A
407–417（11 aa）
链 B
407–417（11 aa）
链 C
407–417（11 aa）
链 D
407–417（11 aa）
链 E
407–417（11 aa）
链 F
407–417（11 aa）
链 G
407–417（11 aa）
链 H
407–417（11 aa）
链 I
407–417（11 aa）
链 J
407–417（11 aa）
链 K
407–417（11 aa）
链 L
407–417（11 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 FE FE (III) ION × 32 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289.15 K；0.1M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.317 |
| 7U1T EBNA1 DNA binding domain (401-641) binds to half Dyad Symmetry element 提交 2022-02-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
438–615（178 aa）
片段：DNA-binding domain (UNP residues 438-615)
链 B
438–615（178 aa）
片段：DNA-binding domain (UNP residues 438-615)
链 C
438–615（178 aa）
片段：DNA-binding domain (UNP residues 438-615)
链 D
438–615（178 aa）
片段：DNA-binding domain (UNP residues 438-615)
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8DLF EBNA1 DNA binding domain (DBD) (458-617)+2 repeats of family repeat (FR) region 提交 2022-07-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
458–617（160 aa）
链 B
458–617（160 aa）
链 C
458–617（160 aa）
链 D
458–617（160 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |