当前蛋白身份：P04070
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AUT Human activated protein C 提交 1996-06-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
212–461（250 aa）
链 L
84–197（114 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.7；0.1 M CITRATE, 20% ISOPROPANOL 2% PEG 20000 PH 4.7
|
分辨率 2.80 Å |
| 1LQV Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C. 提交 2002-05-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
43–75（33 aa）
片段：Protein C Gla domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.222 |
| 1LQV Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C. 提交 2002-05-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
43–75（33 aa）
片段：Protein C Gla domain
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.222 |
| 3F6U Crystal structure of human Activated Protein C (APC) complexed with PPACK 提交 2008-11-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
212–451（240 aa）
片段：UNP residues 212-451
链 L
91–188（98 aa）
片段：UNP residues 91-188
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未记录 | 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.236 |
| 3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
43–75（33 aa）
片段：GLA domain (UNP residues 43-75)
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.226 |
| 3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
43–75（33 aa）
片段：GLA domain (UNP residues 43-75)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.226 |
| 4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
204–223（20 aa）
片段：UNP residues 204-223
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
204–223（20 aa）
片段：UNP residues 204-223
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |
| 6M3B hAPC-c25k23 Fab complex 提交 2020-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
212–461（250 aa）
链 D
43–197（155 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1% n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
212–461（250 aa）
链 B
43–197（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.302 |
| 6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
212–461（250 aa）
链 D
43–197（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.302 |
| 6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 G
212–461（250 aa）
链 I
43–197（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.302 |
| 8JRU Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state 提交 2023-06-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
205–216（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8JRV Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to glucagon and beta-arrestin 1 提交 2023-06-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 R
205–216（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BVM Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with protein C propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
19–88（70 aa）
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未记录 | A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9MOT Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
212–451（240 aa）
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突变：S360A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 9MOV Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
43–188（146 aa）
链 D
212–451（240 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S360A | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |