当前蛋白身份：P04958
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A8D TETANUS TOXIN C FRAGMENT 提交 1998-03-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
864–1314（451 aa）
片段：C-FRAGMENT
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突变：INS(M1) | AU GOLD ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
fiber seeding using cryshed initial crystals as seeds；pH 7；9% (W/V) 1M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 6.0, AND 92% OF A 10% (W/V) SOLUTION OF PEG 6000 IN 50MM HEPES (PH 7.0). LARGE CRYSTALS (0.2 X 0.2 X 0.5 MM) WERE GROWN BY FIBER SEEDING, USING CRUSHED INITIAL CRYSTALS AS SEEDS., fiber seeding using cryshed initial crystals as seeds
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.262 |
| 1AF9 TETANUS NEUROTOXIN C FRAGMENT 提交 1997-03-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
864–1314（451 aa）
片段：C FRAGMENT
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突变：MET INSERTED AT N-TERMINUS | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；CRYSTALLIZATION DROP CONTAINED 3 PARTS RESERVOIR SOLUTION AND 1 PART PROTEIN SOLUTION. RESERVOIR: 14%- 18% PEG 4000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.05M MGCL2 AT PH 6.5. PROTEIN SOLUTION: 10MG/ML PROTEIN AND 0.01M TRIS-HCL AT PH 7.8.
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分辨率 2.70 Å R-free 0.245 |
| 1D0H THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH N-ACETYL-GALACTOSAMINE 提交 1999-09-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
872–1315（444 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
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突变：ADDITION OF THE SEQUENCE MGHGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHML AT THE N-TERMINAL RESIDUE 872 | A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.00
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分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 1DFQ THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH SIALIC ACID 提交 1999-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
871–1314（444 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
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未记录 | SLB N-acetyl-beta-neuraminic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, PEG4000, 2-METHYL-2,4-PENTANE-DIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.313 |
| 1DIW THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH GALACTOSE 提交 1999-11-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
874–1314（441 aa）
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未记录 | GAL beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；IMIDAZOLE, SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULPHATE, PEG4000, 2-METHYL-2,4-PENTANE-
DIOL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1DLL The HC fragement of tetanus toxin complexed with lactose 提交 1999-12-10 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
874–1314（441 aa）
片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT HC
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未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；imidazole, sodium chloride, ammonium sulphate, PEG4000, 2-methyl-2,4-pentane-diol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.267 |
| 1FV2 The Hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor GT1B 提交 2000-09-18 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
864–1314（451 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
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未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.50 Å R-free 0.276 |
| 1FV3 THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF ITS GANGLIOSIDE RECEPTOR GT1B 提交 2000-09-18 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
864–1314（451 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
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未记录 | CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.306 |
| 1FV3 THE HC FRAGMENT OF TETANUS TOXIN COMPLEXED WITH AN ANALOGUE OF ITS GANGLIOSIDE RECEPTOR GT1B 提交 2000-09-18 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
864–1314（451 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HEAVY CHAIN
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未记录 | CEQ ETHYL-TRIMETHYL-SILANE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；293 K；20% Polyethylene glycol 8000, sodium-potassium phosphate, TRIS, imidazole, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.306 |
| 1YVG Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–457（457 aa）
片段：chain L
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 4000, magnesium chloride, hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.276 |
| 1YVG Structural analysis of the catalytic domain of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–457（457 aa）
片段：chain L
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 4000, magnesium chloride, hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.276 |
| 1YXW A common binding site for disialyllactose and a tri-peptide in the C-fragment of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
874–1314（441 aa）
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未记录 | TYR TYROSINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, imidazol, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.274 |
| 1YYN A common binding site for disialyllactose and a tri-peptide in the C-fragment of tetanus neurotoxin 提交 2005-02-25 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
874–1314（441 aa）
片段：residues 875-1315
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, imidazol, MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.288 |
| 1Z7H 2.3 Angstrom crystal structure of tetanus neurotoxin light chain 提交 2005-03-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
0–442（443 aa）
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突变：I361V | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM NITRATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.216 |
| 3HMY Crystal structure of HCR/T complexed with GT2 提交 2009-05-29 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
866–1315（450 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 866-1315)
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Bis-Tis propane buffer pH 7.0, 25% PEG2K and 300 mM Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 3HN1 Crystal structure of HCR/T complexed with GT2 and lactose 提交 2009-05-29 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
866–1315（450 aa）
片段：Receptor binding domain (UNP residues 866-1315)
|
未记录 | GLA alpha-D-galactopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Bis-Tris propane, PEG2K and ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.257 |
| 4J1L Mutant Endotoxin TeNT 提交 2013-02-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–427（426 aa）
片段：UNP residues 2-427
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突变：K168E, L230I | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 5N0B Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GD1a 提交 2017-02-02 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1315（1315 aa）
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突变：R372A, Y375F | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% v/v polyethylene glycol 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2M potassium thiocyanate
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分辨率 2.60 Å R-free 0.247 |
| 5N0C Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GM1a 提交 2017-02-02 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1315（1315 aa）
|
突变：R372A, Y375F | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% v/v polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M sodium chloride
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分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 5N0C Crystal structure of the tetanus neurotoxin in complex with GM1a 提交 2017-02-02 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1315（1315 aa）
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突变：R372A, Y375F | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% v/v polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M sodium chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 7BXX Tetanus neurotoxin translocation domain -C467S 提交 2020-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
459–864（406 aa）
|
突变：C467S | 未记录非水小分子 | 未声明 |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.225M MES/Bis-Tris pH 6.6, 6.6% PEG6000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.253 |
| 7BXX Tetanus neurotoxin translocation domain -C467S 提交 2020-04-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
459–864（406 aa）
|
突变：C467S | 未记录非水小分子 | 未声明 |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；0.225M MES/Bis-Tris pH 6.6, 6.6% PEG6000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.253 |
| 7BY4 Tetanus neurotoxin receptor binding domain 提交 2020-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
865–1315（451 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1 M Pottasium chloride 22.5% PEG 4000
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分辨率 1.50 Å R-free 0.163 |
| 7BY5 Tetanus neurotoxin mutant-(H233A/E234Q/H237A/Y375F) 提交 2020-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–1315（1314 aa）
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突变：H233A,E234Q,H237A,Y375F | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0, 9% PEG 8000
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.233 |
| 9FYQ Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, gangliosides and Pro-Macrobody 5 提交 2024-07-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
875–1315（441 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6UZ omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside × 1 A1IHM (2~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},6~{S})-6-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[2-(octadecanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-3-azanyl-6-carboxy-4-oxidanyl-oxan-2-yl]-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-5-azanyl-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{S})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 1 A1IHN (2~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-5-acetamido-2-carboxy-4-oxidanyl-6-[(1~{S},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[2-(docosanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-2-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-3-(2-oxidanylidenepropyl)oxan-4-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-4-yl]oxy-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM Hepes-NaOH 7.5, 150 mM NaCl, 3 mM maltose, 0.03 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside, 0.006% cholesterol hemisuccinate
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9FYR Cryo-EM structure of native SV2A in complex with TeNT-Hc, Pro-Macrobody 5 and Levetiracetam 提交 2024-07-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
875–1315（441 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 6UZ omega-undecylenyl-beta-D-maltopyranoside × 1 UKX (2S)-2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)butanamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM Hepes-NaOH 7.5, 150 mM NaCl, 3 mM maltose, 0.03 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside, 0.006% cholesterol hemisuccinate, 250 uM Levetiracetam
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |