当前蛋白身份：P04977
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
35–269（235 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.70 Å |
| 1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
35–269（235 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.70 Å |
| 1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
36–269（234 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
36–269（234 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 7SKI Pertussis toxin in complex with PJ34 提交 2021-10-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–214（179 aa）
|
突变：C41S | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.15M NaCl, 0.1M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.0, 8% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.178 |
| 7SKI Pertussis toxin in complex with PJ34 提交 2021-10-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–214（179 aa）
|
突变：C41S | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.15M NaCl, 0.1M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.0, 8% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.178 |
| 7SKK pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide 提交 2021-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–216（181 aa）
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突变：C41S | NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 7SKK pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide 提交 2021-10-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 7SKK pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide 提交 2021-10-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 7SKK pertussis toxin in complex with ADPR and Nicotinamide 提交 2021-10-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | NCA NICOTINAMIDE × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.5M (NH4)2SO4 and 0.1M HEPES pH 7
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.224 |
| 7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.224 |
| 7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.224 |
| 7SKY Pertussis toxin S1 bound to NAD+ 提交 2021-10-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.2M KI
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.224 |
| 7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | 9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.219 |
| 7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | 9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.219 |
| 7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | 9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.219 |
| 7SNE Pertussis toxin S1 subunit bound to BaAD 提交 2021-10-28 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
36–216（181 aa）
|
突变：C41S | 9XR [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylanilino)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M LiCl, 14% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.219 |
| 7U6Z Pertussis toxin E129D NAD 提交 2022-03-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M KI, 25% PEG3350
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.214 |
| 7U6Z Pertussis toxin E129D NAD 提交 2022-03-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–216（181 aa）
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M KI, 25% PEG3350
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.214 |
| 9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
35–269（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.56 Å |