当前蛋白身份：P08659
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BA3 FIREFLY LUCIFERASE IN COMPLEX WITH BROMOFORM 提交 1998-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | MBR TRIBROMOMETHANE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
microbatch under oil；pH 7.8；283 K；2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL., microbatch under oil, temperature 283K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 1LCI FIREFLY LUCIFERASE 提交 1996-06-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
microbatch under oil；pH 7.8；283 K；2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL. CRYOPROTECTANT SOLUTION: 8% PEG 8000, 10% GLYCEROL, 12.5% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS-HCL PH7.8, microbatch under oil, temperature 283K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 3IEP Firefly luciferase apo structure (P41 form) 提交 2009-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% PEG 1500, 8% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.221 |
| 3IER Firefly luciferase apo structure (P41 form) with PEG 400 bound 提交 2009-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% PEG 400, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
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分辨率 2.05 Å R-free 0.225 |
| 3IES Firefly luciferase inhibitor complex 提交 2009-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | M24 5'-O-[(R)-[({3-[5-(2-fluorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]phenyl}carbonyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；30% PEG 1500, 8% MPD, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.218 |
| 3RIX 1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J inhibitor complex 提交 2011-04-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
未记录 | 923 (5Z)-4-hydroxy-3-[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-5-{[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]methylidene}furan-2(5H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.218 |
| 4E5D 2.2A resolution structure of a firefly luciferase-benzothiazole inhibitor complex 提交 2012-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | 0NJ 2-(2-fluorophenyl)-6-methoxy-1,3-benzothiazole × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；277 K；25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.232 |
| 4G36 Photinus pyralis luciferase in the adenylate-forming conformation bound to DLSA 提交 2012-07-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
未记录 | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；300 mM Na/K Tartrate, 20% PEG 6000, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.238 |
| 4G36 Photinus pyralis luciferase in the adenylate-forming conformation bound to DLSA 提交 2012-07-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–550（550 aa）
|
未记录 | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；300 mM Na/K Tartrate, 20% PEG 6000, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.238 |
| 4G37 Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation 提交 2012-07-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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突变：C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 XLX 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；30 % PEG 4000, 50 mM NaCl, 50 mM HEPPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 4G37 Structure of cross-linked firefly luciferase in second catalytic conformation 提交 2012-07-13 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–550（550 aa）
|
突变：C82S, I108C, T214A, A215L, C216A, I232A, C258S, F295L, E354K, C391S, Y447C | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 XLX 4,4'-(ethylenediimino)bis[4-oxobutyrate] × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；30 % PEG 4000, 50 mM NaCl, 50 mM HEPPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 5DV9 Crystal structure of the Luciferase 提交 2015-09-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；Li2SO4, PEG 8000, Tris
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分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 5DWV Crystal structure of the Luciferase complexed with substrate analogue 提交 2015-09-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
未记录 | 5J4 2-[6-(cyclobuta-1,3-dien-1-ylamino)-1,3-benzothiazol-2-yl]-1,3-thiazol-4-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；Li2SO4, PEG8000, Tris
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分辨率 2.30 Å R-free 0.228 |
| 5GYZ luciferase AMP/7-cy-L complex 提交 2016-09-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4–438（435 aa）
片段：UNP residues 4-438
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未记录 | 7BV (4S)-2-[6-(azepan-1-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；Sodium malonate, PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.227 |
| 5GZ2 luciferase complex with 7-cy-L 提交 2016-09-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–438（436 aa）
片段：UNP residues 3-438
|
未记录 | 7BV (4S)-2-[6-(azepan-1-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；Sodium malonate , PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 5KYT Structure of Photinus pyralis Luciferase red light emitting variant 提交 2016-07-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
突变：S284T | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 300 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.218 |
| 5KYT Structure of Photinus pyralis Luciferase red light emitting variant 提交 2016-07-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–550（550 aa）
|
突变：S284T | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 300 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.218 |
| 5KYV Structure of Photinus pyralis Luciferase green shifted light emitting variant 提交 2016-07-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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突变：V241I, G246A, F250S | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 200 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 5KYV Structure of Photinus pyralis Luciferase green shifted light emitting variant 提交 2016-07-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–550（550 aa）
|
突变：V241I, G246A, F250S | SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；23 % PEG 8000, 200 mM Na/K tartrate, 1.00 mM Tris
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 5WYS luciferase with inhibitor 3i 提交 2017-01-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
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未记录 | 7V6 5-[(3R)-3-(4-boranylphenyl)-3-oxidanyl-propyl]-2-oxidanyl-benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；293 K；0.5 M Li2SO4, 15% PEG8000, 0.1 M Tris
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分辨率 3.00 Å R-free 0.270 |
| 6HPS Near-infrared dual bioluminescence imaging in vivo using infra-luciferin 提交 2018-09-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4–546（543 aa）
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未记录 | GKH [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[[2-[(~{E})-2-(6-oxidanyl-1,3-benzothiazol-2-yl)ethenyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonyl]sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；150 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES pH 7.0, 2% PEG 1000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.333 |
| 6HPS Near-infrared dual bioluminescence imaging in vivo using infra-luciferin 提交 2018-09-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
4–546（543 aa）
|
未记录 | GKH [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[[2-[(~{E})-2-(6-oxidanyl-1,3-benzothiazol-2-yl)ethenyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonyl]sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；278 K；150 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES pH 7.0, 2% PEG 1000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.333 |
| 6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–550（550 aa）
|
突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N | SO4 SULFATE ION × 1 DYD (2S,5S)-hexane-2,5-diol × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.218 |
| 6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–550（550 aa）
|
突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N | SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.218 |
| 6Q2M Crystal structure of Photinus pyralis Luciferase Pps6 mutant in complex with DLSA 提交 2019-08-08 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–550（550 aa）
|
突变：T214N, A222C, Y255F, S276T, H332N, E354N | SO4 SULFATE ION × 2 DYD (2S,5S)-hexane-2,5-diol × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SLU 5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.05M EPPS pH 8.5, 25% PEG4000, 2% 2,5 Hexanediol
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.218 |