当前蛋白身份：P0A7Z6
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4YG2 X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme 提交 2015-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.260 |
| 4YG2 X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme 提交 2015-02-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–329（329 aa）
链 H
1–329（329 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.260 |
| 5EZK RNA polymerase model placed by Molecular replacement into X-ray diffraction map of DNA-bound RNA Polymerase-Sigma 54 holoenzyme complex. 提交 2015-11-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；8% PGA-LM, 300mM Ammonium Formate, 100mM Hepes
|
分辨率 8.50 Å R-free 0.470 |
| 5TBZ E. Coli RNA Polymerase complexed with NusG 提交 2016-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–235（235 aa）
链 B
1–235（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.395 |
| 5TBZ E. Coli RNA Polymerase complexed with NusG 提交 2016-09-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
1–235（235 aa）
链 G
1–235（235 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.395 |
| 5UI8 structure of sigmaN-holoenzyme 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–329（329 aa）
链 H
1–329（329 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 3.76 Å R-free 0.312 |
| 6AWB Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in non-rotated state 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 01
6–234（229 aa）
链 02
6–234（229 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
|
分辨率 6.70 Å |
| 6AWC Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in rotated state 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 01
6–234（229 aa）
链 02
6–234（229 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
|
分辨率 7.90 Å |
| 6AWD Structure of 30S (S1 depleted) ribosomal subunit and RNA polymerase complex 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 01
6–234（229 aa）
链 02
6–234（229 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
|
分辨率 8.10 Å |
| 6B6H The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex 提交 2017-10-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
链 I
250–324（75 aa）
片段：Alpha C-terminal domain (alpha-CTD) residues 250-324
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 second blotting
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GOV Structure of THE RNA POLYMERASE LAMBDA-BASED ANTITERMINATION COMPLEX 提交 2018-06-04 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–329（329 aa）
链 V
1–329（329 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6N62 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA 提交 2018-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–234（234 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
链 B
1–234（234 aa）
片段：N-terminal domain (UNP residues 1-234)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.8, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol, 4% v/v ethylene glycol
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.334 |
| 6OMF CryoEM structure of SigmaS-transcription initiation complex with activator Crl 提交 2019-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–234（234 aa）
链 B
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 6PB4 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex with de novo RNA transcript at the state 2 提交 2019-06-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 4.35 Å |
| 6PB5 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 1 architecture 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 4.52 Å |
| 6PB6 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 2 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 4.29 Å |
| 6PMI Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 1 提交 2019-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 3.86 Å |
| 6PMJ Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 2 提交 2019-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 3.91 Å |
| 6XH7 CueR-TAC without RNA 提交 2020-06-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6XH8 CueR-transcription activation complex with RNA transcript 提交 2020-06-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6XL5 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter open complex (EcmrR-RPo) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 6XL9 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 3-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-3nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 6XLJ Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 4-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-4nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 5 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6XLL Cryo-EM structure of E. coli RNAP-promoter initial transcribing complex with 5-nt RNA transcript (RPitc-5nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6XLM Cryo-EM structure of E.coli RNAP-DNA elongation complex 1 (RDe1) in EcmrR-dependent transcription 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6XLN Cryo-EM structure of E. coli RNAP-DNA elongation complex 2 (RDe2) in EcmrR-dependent transcription 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–329（329 aa）
链 B
1–329（329 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8EG7 Cryo-EM structure of pre-consensus elemental paused elongation complex 提交 2022-09-11 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3 s
|
分辨率 3.20 Å |
| 8EG8 Cryo-EM structure of consensus elemental paused elongation complex with a folded TL 提交 2022-09-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3 s
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EGB Cryo-EM structure of consensus elemental paused elongation complex with an unfolded TL 提交 2022-09-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3 s
|
分辨率 3.80 Å |
| 8EH8 Cryo-EM structure of his-elemental paused elongation complex with a folded TL and a rotated RH-FL (1) 提交 2022-09-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1N7 CHAPSO × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3.5 s
|
分辨率 3.40 Å |
| 8EH9 Cryo-EM structure of his-elemental paused elongation complex with a folded TL and a rotated RH-FL (2) 提交 2022-09-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1N7 CHAPSO × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3.5 s
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EHA Cryo-EM structure of his-elemental paused elongation complex with a folded TL and a rotated RH-FL (out) 提交 2022-09-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 1N7 CHAPSO × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3.5 s
|
分辨率 3.70 Å |
| 8EHF Cryo-EM structure of his-elemental paused elongation complex with an unfolded TL (1) 提交 2022-09-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | 4QM (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3.5 s
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EHI Cryo-EM structure of his-elemental paused elongation complex with an unfolded TL (2) 提交 2022-09-14 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–234（234 aa）
链 H
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 0, blot time 3.5 s
|
分辨率 5.50 Å |
| 9DR1 E. coli RNA polymerase consensus volume with a bound fluoride riboswitch in the ligand-bound state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
5–234（230 aa）
链 H
5–234（230 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；5 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |