当前蛋白身份：P0A805
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EK8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBOSOME RECYCLING FACTOR (RRF) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-03-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–185（185 aa）
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未记录 | HG MERCURY (II) ION × 3 DEM DECYLOXY-METHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1 M MES-NaOH, 10 % PEG 350 MME, 12 % PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.297 |
| 1ISE Crystal structure of a mutant of ribosome recycling factor from Escherichia coli, Arg132Gly 提交 2001-11-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–185（185 aa）
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突变：R132G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；50mM MES-NaOH, PEG 1500, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.20 Å R-free 0.297 |
| 1Y69 RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2004-12-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–30（30 aa）
片段：UNP residues 1-30 and 106-185
链 8
106–185（80 aa）
片段：UNP residues 1-30 and 106-185
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突变：RRF domain II deletion and GGG insertion 突变：RRF domain II deletion and GGG insertion | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
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分辨率 3.33 Å R-free 0.338 |
| 1ZN0 Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF 提交 2005-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–185（185 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
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分辨率 15.50 Å |
| 1ZN1 Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex 提交 2005-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–185（185 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
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分辨率 14.10 Å |
| 2RDO 50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound 提交 2007-09-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–185（185 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
PolyMix；pH 7.5；PolyMix
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot
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分辨率 9.10 Å |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 CY
1–185（185 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
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分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 AY
2–183（182 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
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分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 AV
1–185（185 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
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分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |