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蛋白结构与聚集状态

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15PDB条目
21Biological assembly
189链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

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PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
1DPS THE CRYSTAL STRUCTURE OF DPS, A FERRITIN HOMOLOG THAT BINDS AND PROTECTS DNA 提交 1998-02-23 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 1–166（166 aa）
链 B 1–166（166 aa）
链 C 1–166（166 aa）
链 D 1–166（166 aa）
链 E 1–166（166 aa）
链 F 1–166（166 aa）
链 G 1–166（166 aa）
链 H 1–166（166 aa）
链 I 1–166（166 aa）
链 J 1–166（166 aa）
链 K 1–166（166 aa）
链 L 1–166（166 aa）
突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C NA SODIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1.55-1.7 M SODIUM FORMATE 13-16% PEG 8000 100 MM NACL 50 MM TRIS PH 8, pH 8.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.220
1F30 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.272
1F30 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.85 Å R-free 0.272
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1JRE DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-13 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A CD CADMIUM ION × 13 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.264
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 M 0–166（167 aa）
链 N 0–166（167 aa）
链 O 0–166（167 aa）
链 P 0–166（167 aa）
链 Q 0–166（167 aa）
链 R 0–166（167 aa）
链 S 0–166（167 aa）
链 T 0–166（167 aa）
链 U 0–166（167 aa）
链 V 0–166（167 aa）
链 W 0–166（167 aa）
链 X 0–166（167 aa）
突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1L8H DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2002-03-20 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.250
1L8I Dna Protection and Binding by E. Coli DPS Protein 提交 2002-03-20 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 0–166（167 aa）
链 B 0–166（167 aa）
链 C 0–166（167 aa）
链 D 0–166（167 aa）
链 E 0–166（167 aa）
链 F 0–166（167 aa）
链 G 0–166（167 aa）
链 H 0–166（167 aa）
链 I 0–166（167 aa）
链 J 0–166（167 aa）
链 K 0–166（167 aa）
链 L 0–166（167 aa）
突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.250
2W9R Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS 提交 2009-01-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 6–16（11 aa） 片段：RESIDUES 10-16
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7
分辨率 1.70 Å R-free 0.254
3O2H E. coli ClpS in complex with a Leu N-end rule peptide 提交 2010-07-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致
链 B 6–16（11 aa） 片段：unp residues 6-16
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M TRIS, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 1.70 Å R-free 0.224
5XGO The Ferritin E-Domain: Toward Understanding Its Role in Protein Cage Assembly Through the Crystal Structure of a Maxi-/Mini-Ferritin Chimera 提交 2017-04-14 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 1–163（163 aa）
链 B 1–163（163 aa）
链 C 1–163（163 aa）
链 D 1–163（163 aa）
链 E 1–163（163 aa）
链 F 1–163（163 aa）
链 G 1–163（163 aa）
链 H 1–163（163 aa）
链 I 1–163（163 aa）
链 J 1–163（163 aa）
链 K 1–163（163 aa）
链 L 1–163（163 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；292.15 K；0.2M lithium sulphate, 18% PEG 1000, pH 4.2
分辨率 1.99 Å R-free 0.207
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 9–167（159 aa）
链 B 14–167（154 aa）
链 C 14–167（154 aa）
链 D 12–167（156 aa）
链 E 14–167（154 aa）
链 F 14–167（154 aa）
链 G 14–167（154 aa）
链 H 14–167（154 aa）
链 I 14–167（154 aa）
链 J 14–167（154 aa）
链 K 14–167（154 aa）
链 L 14–167（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.258
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 b 9–167（159 aa）
链 c 14–167（154 aa）
链 d 14–167（154 aa）
链 e 12–167（156 aa）
链 f 17–167（151 aa）
链 g 14–167（154 aa）
链 h 14–167（154 aa）
链 i 14–167（154 aa）
链 j 14–167（154 aa）
链 k 14–167（154 aa）
链 l 14–167（154 aa）
链 m 14–167（154 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.258
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
链 B 1–167（167 aa）
链 C 1–167（167 aa）
链 D 1–167（167 aa）
链 E 1–167（167 aa）
链 F 1–167（167 aa）
链 G 1–167（167 aa）
链 H 1–167（167 aa）
链 I 1–167（167 aa）
链 J 1–167（167 aa）
链 K 1–167（167 aa）
链 L 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FE FE (III) ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 M 1–167（167 aa）
链 N 1–167（167 aa）
链 O 1–167（167 aa）
链 P 1–167（167 aa）
链 Q 1–167（167 aa）
链 R 1–167（167 aa）
链 S 1–167（167 aa）
链 T 1–167（167 aa）
链 U 1–167（167 aa）
链 V 1–167（167 aa）
链 W 1–167（167 aa）
链 X 1–167（167 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FE FE (III) ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8OUC Escherichia coli DPS 提交 2023-04-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 AAA 1–167（167 aa）
链 BBB 1–167（167 aa）
链 CCC 1–167（167 aa）
链 DDD 1–167（167 aa）
链 EEE 1–167（167 aa）
链 FFF 1–167（167 aa）
链 GGG 1–167（167 aa）
链 HHH 1–167（167 aa）
链 III 1–167（167 aa）
链 JJJ 1–167（167 aa）
链 KKK 1–167（167 aa）
链 LLL 1–167（167 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；TRIS-HCl
分辨率 1.37 Å R-free 0.206
8PV9 Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致
链 A 2–167（166 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9ZC2 Structure of E. Coli DNA protection during starvation protein (DPS) from single particle cryoEM 提交 2025-11-22 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致
链 A 1–167（167 aa）
链 B 1–167（167 aa）
链 C 1–167（167 aa）
链 D 1–167（167 aa）
链 E 1–167（167 aa）
链 F 1–167（167 aa）
链 G 1–167（167 aa）
链 H 1–167（167 aa）
链 I 1–167（167 aa）
链 J 1–167（167 aa）
链 K 1–167（167 aa）
链 L 1–167（167 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.30 Å

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。