当前蛋白身份：P0C0S8
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10XZ Non-damaged nucleosome 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 10YA Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YB Nucleosome containing a nick at SHL-2 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YC Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YD Nucleosome containing a nick at SHL-6 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YE DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL0 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
12–119（108 aa）
链 G
12–119（108 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 10YG DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-4 (composite) 提交 2026-02-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
12–119（108 aa）
链 G
12–119（108 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 4QYL Crystal Structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with a histone H2AK5ac peptide 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
2–13（12 aa）
片段：histone H2AK5ac peptide (UNP residues 2-13)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NH4SO4, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether (PEG) 5000, 1% propylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
| 4QYL Crystal Structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with a histone H2AK5ac peptide 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2–13（12 aa）
片段：histone H2AK5ac peptide (UNP residues 2-13)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NH4SO4, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether (PEG) 5000, 1% propylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
| 4QYL Crystal Structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with a histone H2AK5ac peptide 提交 2014-07-24 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
2–13（12 aa）
片段：histone H2AK5ac peptide (UNP residues 2-13)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NH4SO4, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether (PEG) 5000, 1% propylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
| 4QYL Crystal Structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with a histone H2AK5ac peptide 提交 2014-07-24 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
2–13（12 aa）
片段：histone H2AK5ac peptide (UNP residues 2-13)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M NH4SO4, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether (PEG) 5000, 1% propylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
| 5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K13R, T16S, K36R 突变：K13R, T16S, K36R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 4.54 Å |
| 6R0C Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label 提交 2019-03-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6RNY PFV intasome - nucleosome strand transfer complex 提交 2019-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；1 min incubation 3.5s blot
|
分辨率 3.90 Å |
| 6X59 The mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-05-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 6X5A The mouse cGAS catalytic domain binding to human nucleosome that purified from HEK293T cells 提交 2020-05-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6XJD Two mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 7E8D NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome 提交 2021-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7JO9 1:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JOA 2:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7TAN Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle 提交 2021-12-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7U50 APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U51 Nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7U52 nucleosome core particle with AP-site at SHL-6.5 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U53 Nucleosome core particle with AP-site at SHL0 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8GUI Bre1-nucleosome complex (Model I) 提交 2022-09-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8GUJ Bre1-nucleosome complex (Model II) 提交 2022-09-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8GUK Human nucleosome core particle (free form) 提交 2022-09-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 8OFF Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1) 提交 2023-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 Aa
1–130（130 aa）
链 Ab
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force = 0 N
blot time = 8 s
|
分辨率 3.40 Å |
| 8QZM Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；15 mM HEPES pH 7.5, 65 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM S-Adenosyl methionine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VOB H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
13–120（108 aa）
链 R
13–120（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWS Nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VWU Nucleosome containing 8oxoG at SHL4 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9BE5 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by EPU on Glacios at 3.3 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
17–119（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BE6 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by Leginon on Krios at 3.0 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
17–119（103 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9DWF Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9DWG DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 1, composite) 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWH DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 2, composite) 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWI DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 3, composite) 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWJ Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9DWK DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9DWL Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9DWM DNA polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9NQU KDM6B-nucleosome structure stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2025-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9Y46 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C2 refinement) 提交 2025-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 9Y47 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C1 refinement) 提交 2025-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.74 Å |