当前蛋白身份:P0DP29 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
3EK4 Calcium-saturated GCaMP2 Monomer 提交 2008-09-18 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.1 M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.280
3EK7 Calcium-saturated GCaMP2 dimer 提交 2008-09-18 Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.241
3EK8 Calcium-saturated GCaMP2 T116V/G87R mutant monomer 提交 2008-09-19 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
突变:T116V, G87R 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.1 M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.266
3EKH Calcium-saturated GCaMP2 T116V/K378W mutant monomer 提交 2008-09-19 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
突变:T116V, K378W 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;298 K;0.1 M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
3EKJ Calcium-free GCaMP2 (calcium binding deficient mutant) 提交 2008-09-19 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
突变:T329G, E334Q, D359G, E370Q, D396G, E407Q, D432G, E443Q 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;298 K;0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.280
3EVR Crystal structure of Calcium bound monomeric GCAMP2 提交 2008-10-13 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–148(146 aa) 片段:UNP P42212 residues 2-238, UNP P0DP29 residues 148-305
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.190
3EVU Crystal structure of Calcium bound dimeric GCAMP2 提交 2008-10-13 Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–148(146 aa) 片段:UNP P11799 residues 1731-1749, UNP P42212 residues 2-144/147-238, UNP P0DP29 residues 3-238
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.75 Å R-free 0.197
3SG2 Crystal Structure of GCaMP2-T116V,D381Y 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:T116V,D381Y 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.207
3SG3 Crystal Structure of GCaMP3-D380Y 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:D380Y 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.199
3SG4 Crystal Structure of GCaMP3-D380Y, LP(linker 2) 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:D380Y, LP(linker 2) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.213
3SG5 Crystal Structure of Dimeric GCaMP3-D380Y, QP(linker 1), LP(linker 2) 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:D380Y, QP(linker 1), LP(linker 2) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
3SG6 Crystal Structure of Dimeric GCaMP2-LIA(linker 1) 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:LIA(linker 1) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.249
3SG7 Crystal Structure of GCaMP3-KF(linker 1) 提交 2011-06-14 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:SEE REMARK 999
突变:KF(linker 1) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
3WLC Crystal structure of dimeric GCaMP6m 提交 2013-11-08 Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:UNP RESIDUES 37-55, 149-238, 2-144, 3-149
突变:M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, N61D, D79Y, M77G, K78S, T80R, S82T, R91G 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;0.1M HEPES, 20% w/v PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.49 Å R-free 0.225
3WLD Crystal structure of monomeric GCaMP6m 提交 2013-11-08 Assembly 1 信息不足 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa) 片段:UNP RESIDUES 37-55, 149-238, 2-144, 3-149
突变:M153K, V163A, S175G, D180Y, T203V, A206K, H231L, F64L, V93I, N61D, D79Y, M77G, K78S, T80R, S82T, R91G 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;0.1M HEPES, 18% w/v PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.212
6CZQ A V-to-F substitution in SK2 channels causes Ca2+ hypersensitivity and improves locomotion in a C. elegans ALS model 提交 2018-04-09 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 R 5–148(144 aa) 片段:residues 5-148
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;293.15 K;0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.5 M Ammonium sulfate 1.5 M Lithium sulfate monohydrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
6DMW Calmodulin-bound full-length rbTRPV5 提交 2018-06-05 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白数一致
链 E 1–149(149 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6MBA Crystal Structure of Human Nav1.4 CTerminal Domain in Complex with apo Calmodulin 提交 2018-08-29 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 B 1–149(149 aa)
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 6;293 K;0.1M MES pH 6.0, 20% PEG 6000, 1.0M LiCl
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
6MC9 Crystal Structure of Human Nav1.4 C-Terminal (1599-1754) domain in complex with calcium-bound calmodulin 提交 2018-08-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 B 1–149(149 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION;pH 6;293 K;0.1M MES pH 6.0, 20% PEG 6000, 1.0M LiCl
分辨率 3.30 Å R-free 0.285
7NQC Calmodulin extracts the Ras family protein RalA from lipid bilayers by engagement with two membrane targeting motifs 提交 2021-03-01 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 1–149(149 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ULW [(2~{Z},6~{Z})-3,7,11-trimethyldodeca-2,6-dienyl] 3-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]propanoate × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)109;压力 1
NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] Calmodulin, 0.8 mM NA RalA HVR, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.1 mM U-15N, 13C Calmodulin, 1.1 mM NA RalA HVR, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM Calmodulin, 1.0 mM 15N,13C RalA HVR, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8V2G Cryo-EM structure of the KCa2.2 channel in apo state 提交 2023-11-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 3–148(146 aa)
链 F 3–148(146 aa)
链 G 3–148(146 aa)
链 H 3–148(146 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
8V2H Cryo-EM structure of the KCa2.2 channel bound to inhibitor AP14145. 提交 2023-11-22 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 3–148(146 aa)
链 F 3–148(146 aa)
链 G 3–148(146 aa)
链 H 3–148(146 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8V3G Cryo-EM structure of the KCa2.2 channel with inhibitor UCL 1684. 提交 2023-11-27 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 3–148(146 aa)
链 F 3–148(146 aa)
链 G 3–148(146 aa)
链 H 3–148(146 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 4 Y7Z UCL1684 × 1 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9ED1 Cryo-EM structure of the human KCa3.1/calmodulin channel in complex with Ca2+ and 1,4-dihydropyridine (DHP-103) 提交 2024-11-15 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 4–148(145 aa)
链 F 4–148(145 aa)
链 G 4–148(145 aa)
链 H 4–148(145 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 5 CA CALCIUM ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9EIO Cryo-EM structure of the mutant KCa2.2_F244S channel 提交 2024-11-26 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 4–145(142 aa)
链 F 4–145(142 aa)
链 G 4–145(142 aa)
链 H 4–145(142 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9KYS the Ca2+/CaM-CASK-ARD complex 提交 2024-12-09 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 A 1–149(149 aa)
链 C 1–149(149 aa)
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;289 K;magnesium chloride, PEG 3350
分辨率 1.76 Å R-free 0.231
9M5Y the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK complex 提交 2025-03-06 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 B 1–149(149 aa)
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;298 K;0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG 6000.
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9M6G the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK-Mint1-CID complex 提交 2025-03-07 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 B 1–149(149 aa)
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;289 K;0.1 M Sodium malonate, pH 5.0, 12% (v/v) PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.187
9O7S Cryo-EM structure of KCa2.2/calmodulin channel in complex with NS309 提交 2025-04-15 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 4–148(145 aa)
链 F 4–148(145 aa)
链 G 4–148(145 aa)
链 H 4–148(145 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 3 1KP (3E)-6,7-dichloro-3-(hydroxyimino)-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9O85 Cryo-EM structure of KCa2.2_I/calmodulin channel in complex with rimtuzalcap 提交 2025-04-15 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 5–148(144 aa)
链 F 5–148(144 aa)
链 G 5–148(144 aa)
链 H 5–148(144 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 3 A1B92 Rimtuzalcap × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9O93 Cryo-EM structure of KCa2.2_II/calmodulin channel in complex with rimtuzalcap 提交 2025-04-17 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 5–148(144 aa)
链 F 5–148(144 aa)
链 G 5–148(144 aa)
链 H 5–148(144 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 2 A1B92 Rimtuzalcap × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9OA8 Cryo-EM structure of KCa3.1/calmodulin channel in complex with NS309 提交 2025-04-19 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 E 3–148(146 aa)
链 F 3–148(146 aa)
链 G 3–148(146 aa)
链 H 3–148(146 aa)
未记录 K POTASSIUM ION × 3 1KP (3E)-6,7-dichloro-3-(hydroxyimino)-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 4 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
9U9D Bipartite Genetically Encoded Biosensor sG-GECO1 提交 2025-03-27 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 3–149(147 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2m sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.227