当前蛋白身份：P10747
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1YJD Crystal structure of human CD28 in complex with the Fab fragment of a mitogenic antibody (5.11A1) 提交 2005-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
17–152（136 aa）
片段：Extracellular region
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；294 K；PEG 3350, magnesium formate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.282 |
| 3WA4 Grb2 SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2013-04-23 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
189–196（8 aa）
片段：fragment peptide, UNP residues 190-195
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 1.25M sodium acetate, 0.1M cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.209 |
| 3WA4 Grb2 SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2013-04-23 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
189–196（8 aa）
片段：fragment peptide, UNP residues 190-195
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CD CADMIUM ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 1.25M sodium acetate, 0.1M cadmium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.209 |
| 5AUL PI3K p85 C-terminal SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2015-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
189–196（8 aa）
片段：UNP residues 189-196
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Sodium Acetate trihydrate, 200 mM Ammonium Acetate, 30% PEG4000
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.160 |
| 5GJH Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
189–196（8 aa）
片段：UNP residues 189-196
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.170 |
| 5GJH Gads SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
189–196（8 aa）
片段：UNP residues 189-196
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-NaOH, 10% PEG 6000, 20% MPD
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.170 |
| 5GJI PI3K p85 N-terminal SH2 domain/CD28-derived peptide complex 提交 2016-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
189–196（8 aa）
片段：UNP residues 189-196
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100mM Sodium acetate trihydrate, 30% PEG MME 2000, 200mM Ammonium sulfate
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分辨率 0.90 Å R-free 0.145 |
| 6O8D Anti-CD28xCD3 CODV Fab bound to CD28 提交 2019-03-09 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
33–150（118 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 0.75% myo-inositol, 0.263M potassium citrate tribasic monohydrate
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分辨率 3.55 Å R-free 0.356 |
| 7PPN SHP2 catalytic domain in complex with CD28 (183-198) phosphopeptide (pTyr-191, p-Thr-195) 提交 2021-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
183–198（16 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；10% PEG 20000, 100 mM Citrate buffer pH 5.5, 50 mM EDTA
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分辨率 1.90 Å R-free 0.207 |
| 7VU5 Structure of the transmembrane domain of the CD28 dimer 提交 2021-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
148–188（41 aa）
链 B
148–188（41 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1
NMR样品组成
0.6 mM U-13C; U-15N; 75%-2H CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM DMPC, 60 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [U-13C; U-15N] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.6 mM U-15N; U-2H CD28_TM, 0.6 mM [U-13C] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-15N; 15%-13C CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 8S6Z CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3 提交 2024-02-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
19–152（134 aa）
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未记录 | IMD IMIDAZOLE × 4 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution containing 200 mM zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 20% w/v PEG 3000.
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分辨率 3.05 Å R-free 0.258 |
| 8S6Z CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3 提交 2024-02-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
19–152（134 aa）
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未记录 | IMD IMIDAZOLE × 3 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 13 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution containing 200 mM zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 20% w/v PEG 3000.
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分辨率 3.05 Å R-free 0.258 |
| 8W2V Solution Structure of the CD28 hinge used in chimeric antigen receptor (CAR) T-cells 提交 2024-02-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
114–152（39 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1
NMR测量条件
pH 6.5；284 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
0.45 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.4 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.28 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |