当前蛋白身份：P11961
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B5S DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE (E.C.2.3.1.12) CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 184-425) FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1999-01-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60） 与蛋白数一致 |
链 A
184–425（242 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 B
184–425（242 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 C
184–425（242 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 D
184–425（242 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
链 E
184–425（242 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7
|
分辨率 4.40 Å |
| 1EBD DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH THE BINDING DOMAIN OF THE DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLASE 提交 1996-02-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
129–169（41 aa）
片段：BINDING DOMAIN, RESIDUES 130 - 170
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1LAB THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE LIPOYL DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS PYRUVATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX 提交 1992-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–80（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1LAC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE LIPOYL DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS PYRUVATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX 提交 1992-09-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–80（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1W3D NMR structure of the peripheral-subunit binding domain of Bacillus stearothermophilus E2p 提交 2004-07-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
118–170（53 aa）
片段：RESIDUES 118-170
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20
|
分辨率未提供 |
| 1W4E Peripheral-subunit binding domains from mesophilic, thermophilic, and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state transitions 提交 2004-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
125–169（45 aa）
片段：RESIDUES 125-169
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0
NMR样品组成
95% WATER/5% D2O, 3MM SAMPLE
|
分辨率未提供 |
| 1W4F Peripheral-subunit from mesophilic, thermophilic and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state transitions 提交 2004-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
125–169（45 aa）
片段：RESIDUES 125-169
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0
NMR样品组成
95% H20/5%D20, 3MM SAMPLE
|
分辨率未提供 |
| 1W4G Peripheral-subunit binding domains from mesophilic, thermophilic, and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state folding transitions 提交 2004-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
125–169（45 aa）
片段：RESIDUES 125-169
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0
NMR样品组成
95% WATER/5% D2O, 3MM SAMPLE
|
分辨率未提供 |
| 1W4H Peripheral-subunit from mesophilic, thermophilic and hyperthermophilic bacteria fold by ultrafast, apparently two-state transitions 提交 2004-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
108–152（45 aa）
片段：RESIDUES 108-152
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1.0
NMR样品组成
95%WATER/5% D20, 3MM SAMPLE
|
分辨率未提供 |
| 1W85 The crystal structure of pyruvate dehydrogenase E1 bound to the peripheral subunit binding domain of E2 提交 2004-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
122–170（49 aa）
片段：PERIPHERAL SUBUNIT BINDING DOMAIN (PSBD), RESIDUES 122-170
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；10% PEG 5500 MONOMETHYL ETHER, 0.2M IMIDAZOLE MALATE PH5. 20DEG C, SITTING-DROP., pH 5.00
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 1W85 The crystal structure of pyruvate dehydrogenase E1 bound to the peripheral subunit binding domain of E2 提交 2004-09-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
122–170（49 aa）
片段：PERIPHERAL SUBUNIT BINDING DOMAIN (PSBD), RESIDUES 122-170
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；10% PEG 5500 MONOMETHYL ETHER, 0.2M IMIDAZOLE MALATE PH5. 20DEG C, SITTING-DROP., pH 5.00
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 1W88 The crystal structure of pyruvate dehydrogenase E1(D180N,E183Q) bound to the peripheral subunit binding domain of E2 提交 2004-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
122–170（49 aa）
片段：PERIPHERAL SUBUNIT BINDING DOMAIN (PSBD), RESIDUES 127-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；15% PEG 4000, 0.2M IMIDAZOLE MALATE PH5, pH 5.00
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.262 |
| 1W88 The crystal structure of pyruvate dehydrogenase E1(D180N,E183Q) bound to the peripheral subunit binding domain of E2 提交 2004-09-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
122–170（49 aa）
片段：PERIPHERAL SUBUNIT BINDING DOMAIN (PSBD), RESIDUES 127-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；15% PEG 4000, 0.2M IMIDAZOLE MALATE PH5, pH 5.00
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.262 |
| 2PDD THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE PERIPHERAL SUBUNIT-BINDING DOMAIN OF DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE FROM THE PYRUVATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1992-11-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
128–170（43 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 2PDE THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE PERIPHERAL SUBUNIT-BINDING DOMAIN OF DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE FROM THE PYRUVATE DEHYDROGENASE MULTIENZYME COMPLEX OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1992-11-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
128–170（43 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 3DUF Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 R1T 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-5-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-3-METHYL-2-THIENYL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；The protein solution was then mixed in 1:1 volume ratio of crystallization buffer consisting of 8-12 % mono-methyl ether polyethylene glycol (MME PEG) 5000, 0.1 M Na maleate pH 5.5, and the droplet was left to equilibrate against a reservoir of neat crystallization buffer., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.263 |
| 3DUF Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 R1T 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-5-[(1R)-1-HYDROXYETHYL]-3-METHYL-2-THIENYL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；The protein solution was then mixed in 1:1 volume ratio of crystallization buffer consisting of 8-12 % mono-methyl ether polyethylene glycol (MME PEG) 5000, 0.1 M Na maleate pH 5.5, and the droplet was left to equilibrate against a reservoir of neat crystallization buffer., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.263 |
| 3DV0 Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 TPW 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP. The crystals were soaked with 10mM pyruvate for 3-day, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3DV0 Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 TPW 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP. The crystals were soaked with 10mM pyruvate for 3-day, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3DVA Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 I
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 TPW 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；The mutant crystals are obtained from sitting-drop vapour diffusion using following condition: 10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.247 |
| 3DVA Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex 提交 2008-07-18 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
1–428（428 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 TPW 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；The mutant crystals are obtained from sitting-drop vapour diffusion using following condition: 10-15% PEG 4K, 0.2 M imidazole malate pH 5 in the presence of 5 mM 3-deazaThDP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.247 |
| 9UKZ dihydrolipoyl acetyl transferase (E2) inner core of the pyruvate dehydrogenase complex 提交 2025-04-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
185–426（242 aa）
链 B
185–426（242 aa）
链 C
185–426（242 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.20 Å |