当前蛋白身份：P12003
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1QKR Crystal structure of the vinculin tail and a pathway for activation 提交 1999-08-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
878–1065（188 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；25% (W/V) PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M CH3COO PH 5.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.248 |
| 1QKR Crystal structure of the vinculin tail and a pathway for activation 提交 1999-08-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
878–1065（188 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5；25% (W/V) PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M CH3COO PH 5.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.248 |
| 1ST6 Crystal structure of a cytoskeletal protein 提交 2004-03-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1065（1065 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K
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分辨率 3.10 Å R-free 0.357 |
| 1T01 Vinculin complexed with the VBS1 helix from talin 提交 2004-04-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–254（254 aa）
片段：vinculin head
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；293 K；30%PEG 5000, 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.50
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分辨率 2.06 Å R-free 0.303 |
| 1U6H Vinculin head (0-258) in complex with the talin vinculin binding site 2 (849-879) 提交 2004-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
0–258（259 aa）
片段：Residues 0-258
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 8000, Tris-HCl, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.38 Å R-free 0.322 |
| 1XWJ Vinculin head (1-258) in complex with the talin vinculin binding site 3 (1945-1969) 提交 2004-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–258（258 aa）
片段：residues -21-258
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1M NaH2PO4, 1M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.9, 3% Hexanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 1ZVZ Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod Residue 820-844 提交 2005-06-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–258（258 aa）
片段：Residues 0-258
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 1.80 Å R-free 0.276 |
| 1ZW2 Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod residues 2345-2369 提交 2005-06-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–258（258 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100mM Tris, pH 7.0, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.295 |
| 1ZW3 Vinculin Head (0-258) in Complex with the Talin Rod residues 1630-1652 提交 2005-06-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–258（258 aa）
片段：Residues 0-258
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4, 100mM CAPS, pH 10.5, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 3.30 Å R-free 0.307 |
| 2GDC Structure of Vinculin VD1 / IpaA560-633 complex 提交 2006-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：VD1 domain (RESIDUES 0-265)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, 10% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.74 Å R-free 0.294 |
| 3JBI MDFF model of the vinculin tail domain bound to F-actin 提交 2015-09-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 V
879–1130（252 aa）
片段：tail domain (UNP residues 879-1130)
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole；pH 7；50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM imidazole
cryo-EM玻璃化条件
3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar Vt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of Vt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging.；冷冻剂 ETHANE；3 microliters of 0.3 micromolar actin was applied to the grid and incubated for 60 seconds at 25 degrees C. 3 microliters of 10 micromolar Vt was then applied and incubated for 60 seconds. 3 microliters of solution was removed, then an additional 3 microliters of Vt applied. After 60 seconds, 3 microliters of solution was removed, then the grid was blotted for 2 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP).
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分辨率 8.50 Å |
| 3ZDL Vinculin head (1-258) in complex with a RIAM fragment 提交 2012-11-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
片段：VD1 DOMAIN, RESIDUES 1-259
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
1.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.05M TRI-SODIUM CITRATE, 3% ISOPROPANOL
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分辨率 2.30 Å R-free 0.230 |
| 4E17 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
片段：D1 domain (UNP residues 1-259)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；283 K；20% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.8, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.240 |
| 4E18 Alpha-E-catenin is an autoinhibited molecule that co-activates vinculin 提交 2012-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
片段：D1 domain (UNP residues 1-259)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；22% PEG3350, 100 mM bis-tris-propane, pH 8.0, 100 mM sodium nitrate, 3 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.273 |
| 6FQ4 Structure of Chlamydial virulence factor TarP and vinculin head domain 提交 2018-02-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20% 2-propanol
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.346 |
| 6NR7 Rerefinement of chicken vinculin 提交 2019-01-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1066（1066 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 KYG (1R,2R,3S,4R,5R,6S)-4-{[(S)-[(2S)-2,3-dihydroxypropoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}-3,5,6-trihydroxycyclohexane-1,2-diyl bis[dihydrogen (phosphate)] × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5
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分辨率 3.00 Å R-free 0.315 |