当前蛋白身份：P12464
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KRC Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase 提交 2009-12-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：residues 2-92
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成
10 mM sodium chloride-1, 50 uM sodium azide-2, 20 mM phosphate buffer-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM sodium chloride-4, 50 uM sodium azide-5, 20 mM phosphate buffer-6, 14.29 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
10 mM sodium chloride-8, 50 uM sodium azide-9, 20 mM phosphate buffer-10, 5 % polyacrylamide gel-11, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M4K Solution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis 提交 2013-02-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–173（172 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 50 uM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
链 B
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
链 B
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.283 |
| 4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.283 |
| 4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
链 B
2–92（91 aa）
片段：UNP residues 2-92
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.283 |
| 7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–173（173 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 L
1–173（173 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 L
1–173（173 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 I
1–173（173 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |