当前蛋白身份：P12823
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1L9K dengue methyltransferase 提交 2002-03-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2492–2784（293 aa）
片段：NS5 N-terminal domain
|
突变：V135I, K139R, N173S, P188S, R193K, T196A, Y201H | SO4 SULFATE ION × 5 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；sodium citrate 100mM, lithium sulfate 1.2 M, ammonium sulfate 0.5 M, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.257 |
| 1L9K dengue methyltransferase 提交 2002-03-25 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2492–2784（293 aa）
片段：NS5 N-terminal domain
|
突变：V135I, K139R, N173S, P188S, R193K, T196A, Y201H | SO4 SULFATE ION × 10 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；sodium citrate 100mM, lithium sulfate 1.2 M, ammonium sulfate 0.5 M, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.257 |
| 1OAN Crystal structure of the dengue 2 virus envelope protein 提交 2003-01-16 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
281–674（394 aa）
片段：SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-674
链 B
281–674（394 aa）
片段：SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-674
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；11% PEG 8000, 1 M NACL, 0.1 M TRIS/HCL PH 9.0, 20% GLYCEROL
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.296 |
| 1OK8 Crystal structure of the dengue 2 virus envelope glycoprotein in the postfusion conformation 提交 2003-07-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
281–674（394 aa）
片段：SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-674
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；20-30% PEG 400, 0.08 M NACL, 0.1 M MOPS PH 7-8.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.267 |
| 1OKE Crystal structure of the dengue 2 virus envelope protein in complex with n-octyl-beta-D-glucoside 提交 2003-07-22 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
281–674（394 aa）
片段：SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-674
链 B
281–674（394 aa）
片段：SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-674
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8.5；11% PEG 8K, 1M NACL, 0.1M TRIS/HCL PH 9.0, 20% GLYCEROL,0.5% OCTYLGLUCOSIDE
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 1P58 Complex Organization of Dengue Virus Membrane Proteins as Revealed by 9.5 Angstrom Cryo-EM reconstruction 提交 2003-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 360 PDB 声明：360-MERIC（360） 与蛋白数一致 |
链 A
281–775（495 aa）
链 B
281–775（495 aa）
链 C
281–775（495 aa）
链 D
206–280（75 aa）
链 E
206–280（75 aa）
链 F
206–280（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1P58 Complex Organization of Dengue Virus Membrane Proteins as Revealed by 9.5 Angstrom Cryo-EM reconstruction 提交 2003-04-25 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
281–775（495 aa）
链 B
281–775（495 aa）
链 C
281–775（495 aa）
链 D
206–280（75 aa）
链 E
206–280（75 aa）
链 F
206–280（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1P58 Complex Organization of Dengue Virus Membrane Proteins as Revealed by 9.5 Angstrom Cryo-EM reconstruction 提交 2003-04-25 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30） 与蛋白数一致 |
链 A
281–775（495 aa）
链 B
281–775（495 aa）
链 C
281–775（495 aa）
链 D
206–280（75 aa）
链 E
206–280（75 aa）
链 F
206–280（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1P58 Complex Organization of Dengue Virus Membrane Proteins as Revealed by 9.5 Angstrom Cryo-EM reconstruction 提交 2003-04-25 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白数一致 |
链 A
281–775（495 aa）
链 B
281–775（495 aa）
链 C
281–775（495 aa）
链 D
206–280（75 aa）
链 E
206–280（75 aa）
链 F
206–280（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1P58 Complex Organization of Dengue Virus Membrane Proteins as Revealed by 9.5 Angstrom Cryo-EM reconstruction 提交 2003-04-25 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
281–775（495 aa）
链 B
281–775（495 aa）
链 C
281–775（495 aa）
链 D
206–280（75 aa）
链 E
206–280（75 aa）
链 F
206–280（75 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1R6A Structure of the dengue virus 2'O methyltransferase in complex with s-adenosyl homocysteine and ribavirin 5' triphosphate 提交 2003-10-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2492–2784（293 aa）
片段：RNA-directed RNA polymerase (residue 2492-2784)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 RVP RIBAVIRIN MONOPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；Na Citrate 0.1 M, AS 0.5 M, LiSO4 1.2 M, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 1R6A Structure of the dengue virus 2'O methyltransferase in complex with s-adenosyl homocysteine and ribavirin 5' triphosphate 提交 2003-10-15 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2492–2784（293 aa）
片段：RNA-directed RNA polymerase (residue 2492-2784)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 14 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 RVP RIBAVIRIN MONOPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；Na Citrate 0.1 M, AS 0.5 M, LiSO4 1.2 M, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.243 |
| 1R6R Solution Structure of Dengue Virus Capsid Protein Reveals a New Fold 提交 2003-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
片段：capsid protein C (residue 1-100)
链 B
1–100（100 aa）
片段：capsid protein C (residue 1-100)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate and 200 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件
pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate and 200 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM DEN2C protein U-15N, 13C; in 90% H2O/10% D2O with 50 mM sodium phosphate and 200 mM NaCl at pH 6.0. in SHIGEMI tube | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM or 2 mM DEN2C protein U-15N; in 90% H2O/10% D2O with 50 mM sodium phosphate and 200 mM NaCl at pH 6.0. in SHIGEMI tube | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1THD COMPLEX ORGANIZATION OF DENGUE VIRUS E PROTEIN AS REVEALED BY 9.5 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION 提交 2004-06-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180） 与蛋白数一致 |
链 A
281–675（395 aa）
链 B
281–675（395 aa）
链 C
281–675（395 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1THD COMPLEX ORGANIZATION OF DENGUE VIRUS E PROTEIN AS REVEALED BY 9.5 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION 提交 2004-06-01 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
281–675（395 aa）
链 B
281–675（395 aa）
链 C
281–675（395 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1THD COMPLEX ORGANIZATION OF DENGUE VIRUS E PROTEIN AS REVEALED BY 9.5 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION 提交 2004-06-01 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
281–675（395 aa）
链 B
281–675（395 aa）
链 C
281–675（395 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1THD COMPLEX ORGANIZATION OF DENGUE VIRUS E PROTEIN AS REVEALED BY 9.5 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION 提交 2004-06-01 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
281–675（395 aa）
链 B
281–675（395 aa）
链 C
281–675（395 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 1THD COMPLEX ORGANIZATION OF DENGUE VIRUS E PROTEIN AS REVEALED BY 9.5 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION 提交 2004-06-01 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
281–675（395 aa）
链 B
281–675（395 aa）
链 C
281–675（395 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA；pH 7.6；50 mM TRIS, 75 mM NACL, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE
|
分辨率 9.50 Å |
| 3J8D Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 提交 2014-10-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420） 与蛋白数一致 |
链 G
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 H
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 I
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA；pH 5.5；120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane
|
分辨率 26.00 Å |
| 3J8D Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 提交 2014-10-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 H
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 I
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA；pH 5.5；120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane
|
分辨率 26.00 Å |
| 3J8D Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 提交 2014-10-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 G
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 H
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 I
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA；pH 5.5；120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane
|
分辨率 26.00 Å |
| 3J8D Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 提交 2014-10-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42） 与蛋白数一致 |
链 G
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 H
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 I
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA；pH 5.5；120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane
|
分辨率 26.00 Å |
| 3J8D Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5 提交 2014-10-13 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 H
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
链 I
281–674（394 aa）
片段：UNP residues 281-674
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA；pH 5.5；120 mM NaCl, 20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane
|
分辨率 26.00 Å |
| 5HHG Mouse importin alpha: Dengue 2 NS5 C-terminal NLS peptide complex 提交 2016-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3353–3388（36 aa）
片段：UNP residues 3353-3388
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium HEPES
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.214 |