当前蛋白身份：P15144
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4FYQ Human aminopeptidase N (CD13) 提交 2012-07-05 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 66-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 22 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.193 |
| 4FYR Human aminopeptidase N (CD13) in complex with bestatin 提交 2012-07-05 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ZN ZINC ION × 2 BES 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 20 ACY ACETIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.190 |
| 4FYS Human aminopeptidase N (CD13) in complex with angiotensin IV 提交 2012-07-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 66-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.198 |
| 4FYT Human aminopeptidase N (CD13) in complex with amastatin 提交 2012-07-05 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 66-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop vapor diffusion；pH 5；295 K；2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 5.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 295K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.183 |
| 5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–967（932 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
36–967（932 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
36–967（932 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 5LHD Structure of glycosylated human aminopeptidase N 提交 2016-07-11 | Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
36–967（932 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；50 mM Imidazol-HCl pH 8.0, 20% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 68-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 68-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
66–967（902 aa）
片段：UNP residues 68-967
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.244 |
| 6U7E HCoV-229E RBD Class III in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.244 |
| 6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.225 |
| 6U7F HCoV-229E RBD Class IV in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.225 |
| 6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.218 |
| 6U7G HCoV-229E RBD Class V in complex with human APN 提交 2019-09-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
66–967（902 aa）
片段：ectodomain (UNP residues 66-967)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9% PEG8000, 1 mM oxidized glutathione, 1 mM reduced glutathione, 5% glycerol, 100 mM MES, pH 6.5
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.218 |
| 7AEW 14-3-3 sigma bound to bis-phosphorylated aminopeptidase N (APN, CD13) via canonical and non-canonical binding motifs 提交 2020-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 BBB
36–73（38 aa）
链 CCC
36–73（38 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.7
0.19 M CaCl2
5% glycerol
27 % PEG400
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.184 |
| 7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
62–963（902 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.278 |
| 7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
62–963（902 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.278 |
| 7VPQ Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans 提交 2021-10-17 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
62–963（902 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.278 |
| 8WDE CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map) 提交 2023-09-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
66–967（902 aa）
链 E
66–967（902 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9CAM Aminopeptidase N close state 提交 2024-06-17 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–967（967 aa）
链 B
1–967（967 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 9CAO Aminopeptidase N open state 提交 2024-06-17 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–967（967 aa）
链 B
1–967（967 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |