当前蛋白身份：P15170
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
301–499（199 aa）
片段：UNP residues 301-499
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
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分辨率 3.80 Å R-free 0.304 |
| 3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
301–499（199 aa）
片段：UNP residues 301-499
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.304 |
| 3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
301–499（199 aa）
片段：UNP residues 301-499
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.304 |
| 3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
301–499（199 aa）
片段：UNP residues 301-499
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.304 |
| 3J5Y Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP 提交 2013-11-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
69–496（428 aa）
片段：UNP residues 69-496
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris, 100 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine supplemented with 200 units RNasin, 0.4 mM ATP, 3 mM Mg-GMPPNP；pH 7.5；20 mM Tris, 100 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine supplemented with 200 units RNasin, 0.4 mM ATP, 3 mM Mg-GMPPNP
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
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分辨率 9.70 Å |
| 4D61 Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state 提交 2014-11-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 i
210–635（426 aa）
片段：G-DOMAIN, UNP RESIDUES 210-635
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP；pH 7.5；20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 9.00 Å |
| 5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
437–633（197 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.273 |
| 5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
437–633（197 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.273 |
| 5LZT Structure of the mammalian ribosomal termination complex with eRF1 and eRF3. 提交 2016-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 jj
1–637（637 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 282 ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.
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分辨率 3.65 Å |
| 6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 X
437–633（197 aa）
|
未记录 | V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.245 |
| 6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
437–633（197 aa）
|
未记录 | V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
|
分辨率 3.64 Å R-free 0.245 |
| 9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
300–496（197 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
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分辨率 3.90 Å R-free 0.336 |
| 9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
300–496（197 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 3.90 Å R-free 0.336 |