当前蛋白身份：P15423
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5YL9 1.86 Angstrom crystal structure of human Coronavirus 229E fusion core 提交 2017-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
785–872（88 aa）
片段：UNP residues 785-872
链 B
1052–1104（53 aa）
片段：UNP residues 1052-1104
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；citric acid, BIS-TRIS propane, PEG3350
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.206 |
| 5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 A
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 B
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 B
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 C
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 C
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.263 |
| 5ZHY Structural characterization of the HCoV-229E fusion core 提交 2018-03-13 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 D
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 E
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 E
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 F
789–856（68 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
链 F
1053–1105（53 aa）
片段：UNP residues 789-856. UNP residues 1053-1105
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.5 M Ammonium sulfate, 12% (v/v) Glycerol, 100 mM Tris/HCl, PH 8.5
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.263 |
| 5ZUV Crystal Structure of the Human Coronavirus 229E HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
785–873（89 aa）
片段：UNP residues 785-873
链 B
785–873（89 aa）
片段：UNP residues 785-873
链 C
785–873（89 aa）
片段：UNP residues 785-873
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；293 K；0.05M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG550MME
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.248 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
293–435（143 aa）
片段：UNP residues 294-432
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
293–435（143 aa）
片段：UNP residues 294-432
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 6ATK Crystal structure of the human coronavirus 229E spike protein receptor binding domain in complex with human aminopeptidase N 提交 2017-08-29 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
293–435（143 aa）
片段：UNP residues 294-432
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% PEG 8000, 1mM GSSG, 1mM GSH, 5% Glycerol, 100mM MES, 1ug/mL endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.267 |
| 7CYC Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1116（1116 aa）
链 B
1–1116（1116 aa）
链 C
1–1116（1116 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 48 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 7CYD Cryo-EM structures of Alphacoronavirus spike glycoprotein 提交 2020-09-03 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1116（1116 aa）
链 B
1–1116（1116 aa）
链 C
1–1116（1116 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 7VN9 Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab 提交 2021-10-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
294–435（142 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0
|
分辨率 4.49 Å R-free 0.288 |
| 7VN9 Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab 提交 2021-10-10 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
294–435（142 aa）
片段：receptor-binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0
|
分辨率 4.49 Å R-free 0.288 |
| 7VNG Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with S11 Fab 提交 2021-10-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
294–435（142 aa）
片段：receptor binding domain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；3.6M Sodium Formate, 10% Glycerol
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.318 |
| 7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
835–841（7 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.220 |
| 7YI6 bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein 提交 2022-07-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
835–841（7 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.220 |