当前蛋白身份：P15498
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2CRH Solution structure of the SH2 domain of human proto-oncogene protein VAV1 提交 2005-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
629–775（147 aa）
片段：SH2 (residues 1-138)
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.15mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2LCT Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived doubly phosphorylated peptide 提交 2011-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
664–767（104 aa）
片段：SH2 domain residues 664-767
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
1.1 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 1.1 mM peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2MC1 Solution structure of the Vav1 SH2 domain complexed with a Syk-derived singly phosphorylated peptide 提交 2013-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
664–767（104 aa）
片段：SH2 domain (UNP residues 664-767)
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1 mM peptide, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 2ROR Solution structure of the VAV1 SH2 domain complexed with a tyrosine-phosphorylated peptide from SLP76 提交 2008-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
629–775（147 aa）
片段：SH2 domain, UNP residues 629-775
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成
1.08mM [U-13C; U-15N] Proto-oncogene vav; 1.08mM tyrosine-phosphorylated peptide; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 1mM [U-2H] DTT; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
189–565（377 aa）
片段：Vav1 DH/PH/CRD
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.60 Å R-free 0.293 |
| 3BJI Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1 提交 2007-12-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
189–565（377 aa）
片段：Vav1 DH/PH/CRD
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.293 |
| 3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–584（583 aa）
片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.73 Å R-free 0.271 |
| 3KY9 Autoinhibited Vav1 提交 2009-12-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–584（583 aa）
片段：CH-DH-PH-C1 DOMAINS
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.271 |
| 6NEW Apo structure of the activated truncation of Vav1 提交 2018-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
170–575（406 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000
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分辨率 2.50 Å R-free 0.257 |
| 6NF1 Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity 提交 2018-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–575（574 aa）
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未记录 | 9JY (2S)-3-[(3S)-1-(ethylsulfonyl)piperidin-3-yl]-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}propan-1-ol × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% (v/v) Ethylene Glycol, 0.1M TRIS pH 7.3, and 15% (w/v) Polyethylene Glycol 8000.
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6NFA Vav1 inhibited by an allosteric inhibitor: Vav1 inhibitors block GEF activity 提交 2018-12-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
170–575（406 aa）
片段：UNP residues 170-575
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 9K1 (2S)-2-{[3-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-8-yl]amino}-3-(pyridin-3-yl)propan-1-ol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；16-22% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 7.3, 15% w/v PEG8000
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分辨率 2.70 Å R-free 0.242 |
| 9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
782–839（58 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.271 |