当前蛋白身份：P15941
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1SM3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TUMOR SPECIFIC ANTIBODY SM3 COMPLEX WITH ITS PEPTIDE EPITOPE 提交 1997-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
139–151（13 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；pH 6.0
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.283 |
| 6BSB Crystal structure of the Mucin-1 SEA domain, L1105M mutant, Selenium-derivative 提交 2017-12-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1041–1097（57 aa）
片段：SEA domain, N-terminal
链 B
1098–1152（55 aa）
片段：SEA domain, C-terminal
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Native crystals (see related entry) were used as seeds in a drop of 1:1 mix of the SeMet-derivative (9 mg/ml in 10 mM Tris-Cl, pH 7.4) and reservoir solution (0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.75 M sodium chloride, 0.2 M ammonium sulfate).
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.222 |
| 6BSC Crystal structure of the Mucin-1 SEA domain 提交 2017-12-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1041–1097（57 aa）
片段：SEA domain, N-terminal
链 B
1098–1152（55 aa）
片段：SEA domain, C-terminal
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Drop was a 1:1 mix of protein (10 mg/ml in 10 mM Tris-Cl, pH 7.4) and reservoir solution (0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M sodium chloride)
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.184 |
| 6FZQ Crystal structure of scFv-SM3 in complex with compound 3 提交 2018-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
141–146（6 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 EEN 2-deoxy-2-[(difluoroacetyl)amino]-alpha-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 3350
disodium hydrogen phosphate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.225 |
| 6FZR Crystal structure of scFv-SM3 in complex with compound 2 提交 2018-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
141–146（6 aa）
片段：UNP residues 141-146
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 EEQ 2-deoxy-2-[(fluoroacetyl)amino]-alpha-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 3350
disodium hydrogen phosphate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 6TGG scFv-1SM3 in complex with glycopeptide containing an sp2-imino sugar 提交 2019-11-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
141–146（6 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 N8W ~{N}-[(6~{S},7~{R},8~{S},8~{a}~{R})-7,8-bis(oxidanyl)-3-oxidanylidene-1,5,6,7,8,8~{a}-hexahydro-[1,3]oxazolo[3,4-a]pyridin-6-yl]ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 3350
disodium hydrogen phosphate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 7Q4I Crystal structure of DmC1GalT1 in complex with UDP-Mn2+ and the APD-TGalNAc-RP 提交 2021-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
141–146（6 aa）
链 G
141–146（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；potassium thiocyanate, Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 7V4W Crystal structure of Antibody 16A in complex with MUC1 peptide 提交 2021-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
145–157（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Di-sodium hydrogen phosphate 0.2M, PEG 3350 20%
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.233 |
| 7V64 Crystal structure of Antibody 16A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoT) 提交 2021-08-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.203 |
| 7V7K Crystal structure of Antibody 16A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoST) 提交 2021-08-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；1.0 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 20%(w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.251 |
| 7V8Q Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoT) 提交 2021-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；Crystal screen D4=JCSG F7, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.244 |
| 7V8Q Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoT) 提交 2021-08-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；Crystal screen D4=JCSG F7, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.244 |
| 7V8Q Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 Glycopeptide(GlycoT) 提交 2021-08-23 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；Crystal screen D4=JCSG F7, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.244 |
| 7VAC Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoST) 提交 2021-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.219 |
| 7VAC Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoST) 提交 2021-08-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 H
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.219 |
| 7VAC Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoST) 提交 2021-08-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.219 |
| 7VAZ Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoS) 提交 2021-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
145–157（13 aa）
|
未记录 | NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.264 |
| 7VAZ Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoS) 提交 2021-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
145–157（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.264 |
| 7VAZ Crystal structure of antibody 14A in complex with MUC1 glycopeptide(GlycoS) 提交 2021-08-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
145–157（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, Isopropanol 10%, PEG 4000 20%
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.264 |
| 8AXH Crystal structure of a MUC1-like glycopeptide containing the unnatural L-4-hydroxynorvaline in complex with scFv-SM3 提交 2022-08-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
141–146（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 3350
disodium hydrogen phosphate
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.206 |
| 8P6I Crystal structure of the 139H2 Fab fragment bound to Muc1 peptide epitope 提交 2023-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
141–149（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.2M NaCl
20%w/v PEG 8K
0.1M Na Phos Cit pH 4.2
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.254 |
| 8P6I Crystal structure of the 139H2 Fab fragment bound to Muc1 peptide epitope 提交 2023-05-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 a
141–149（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；0.2M NaCl
20%w/v PEG 8K
0.1M Na Phos Cit pH 4.2
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.254 |
| 8S6K Crystal structure of ScFv-G2D11 complexed to a bis-Tn glycopeptide 提交 2024-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 M
127–133（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；lithium chloride
Tris
PEG 8000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.221 |
| 8S6K Crystal structure of ScFv-G2D11 complexed to a bis-Tn glycopeptide 提交 2024-02-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 N
127–133（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；lithium chloride
Tris
PEG 8000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.221 |
| 8S6T Crystal structure of Fab-3F1 complexed to a bis-STn glycopeptide 提交 2024-02-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
126–138（13 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Magnesium chloride hexahydrate
calcium chloride dihydrate
NDSB
sodium HEPES
MOPS
ethylene glycol
PEG 8000
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.267 |
| 8S6V Crystal structure of Fab-2D9 chimera complexed to a bis-Tn glycopeptide 提交 2024-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 M
127–135（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；lithium sulfate
Bis-Tris
PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |
| 8S6V Crystal structure of Fab-2D9 chimera complexed to a bis-Tn glycopeptide 提交 2024-02-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 N
127–135（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SO4 SULFATE ION × 3 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；lithium sulfate
Bis-Tris
PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.244 |