当前蛋白身份：P18272
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4QAZ The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
641–739（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.3M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.229 |
| 4QB0 The crystal structure of the C-terminal domain of Ebola (Zaire) nucleoprotein 提交 2014-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
641–739（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；19.3% PEG3350, 0.05M Magnesium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.225 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
38–385（348 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
38–385（348 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
38–385（348 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
38–385（348 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4Z9P Crystal structure of Ebola virus nucleoprotein core domain at 1.8A resolution 提交 2015-04-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
36–351（316 aa）
片段：core domain (UNP RESIDUES 36-351)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7；289 K；200mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.225 |
| 4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
33–367（335 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.233 |
| 4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
33–367（335 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
| 4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
33–367（335 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
33–367（335 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 B
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 D
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 | Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 F
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 | Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 H
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26 | Assembly 5 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
链 J
600–627（28 aa）
片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9
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分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 6EHL Model of the Ebola virus nucleoprotein in recombinant nucleocapsid-like assemblies 提交 2017-09-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–739（739 aa）
|
突变：Truncation mutant (residues 1-450) | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 6EHM Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles 提交 2017-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–739（739 aa）
链 B
1–739（739 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 50 PDB 声明：100-meric（100） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6NUT Ebola virus nucleoprotein - RNA complex 提交 2019-02-01 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–739（739 aa）
链 B
1–739（739 aa）
链 E
1–739（739 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–739（739 aa）
链 B
1–739（739 aa）
链 E
1–739（739 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 8Y9J Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit 提交 2024-02-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–739（739 aa）
链 B
1–739（739 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds.
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分辨率 4.60 Å |