当前蛋白身份：P19474
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2IWG COMPLEX BETWEEN THE PRYSPRY DOMAIN OF TRIM21 AND IGG FC 提交 2006-06-30 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
287–465（179 aa）
片段：RESIDUES 287-465
链 E
287–465（179 aa）
片段：RESIDUES 287-465
|
未记录 | FUC alpha-L-fucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.35 Å R-free 0.253 |
| 5JPX Solution structure of the TRIM21 B-box2 (B2) 提交 2016-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
86–130（45 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient
NMR样品组成
450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM deuterated TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5OLM TRIM21 提交 2017-07-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–129（129 aa）
链 B
1–129（129 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；300 K；na
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.262 |
| 6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–98（98 aa）
链 E
1–98（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.294 |
| 6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–98（98 aa）
链 C
1–98（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.294 |
| 6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–98（98 aa）
链 F
1–98（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.294 |
| 6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–98（98 aa）
链 H
1–98（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.294 |
| 6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–85（85 aa）
链 B
1–85（85 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.249 |
| 6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–85（85 aa）
链 H
1–85（85 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.249 |
| 7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–85（85 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K
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分辨率 2.20 Å R-free 0.252 |
| 8A58 X-ray structure of TRIM21 RING E3 ligase in complex with E2 enzyme Ube2W 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–85（85 aa）
链 D
1–85（85 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 5% PEG 6000, 0.1M TCEP hydrochloride
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分辨率 2.25 Å R-free 0.259 |
| 8Y58 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with acepromazine. 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–475（189 aa）
|
突变：D355A | PMZ 1-[10-(3-DIMETHYLAMINO-PROPYL)-10H-PHENOTHIAZIN-2-YL]-ETHANONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 8Y59 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (S)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–475（189 aa）
|
突变：D355A | A1D5Y (1~{S})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.234 |
| 8Y5B Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (R)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–475（189 aa）
|
突变：D355A | A1D5Z (1~{R})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.203 |
| 9EK5 TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog 提交 2024-11-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
288–465（178 aa）
片段：PrySpry domain
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未记录 | A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；4.2 M Sodium Formate; 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.265 |
| 9II5 Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with compound 1 提交 2024-06-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–463（177 aa）
|
未记录 | A1D9F ~{N}-[(1-fluoranylcyclohexyl)methyl]-~{N}-methyl-4-(2-methylsulfanylphenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；291 K；1. Cryo buffer: 80 uL TRIM21 (Reservoir Solution: 0.1 M Cirtic, pH 3.5, 3 M NaCl) + 20 uL glycerol
2. Soaked crystals in cryo buffer for 10s
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.240 |
| 9M3N Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with T-02 提交 2025-03-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
285–464（180 aa）
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未记录 | A1EMT 1-ethyl-~{N}-methyl-5-phenyl-~{N}-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclobutyl]pyrazole-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；The solution contained 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 7.0) and 1.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate.
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分辨率 2.08 Å R-free 0.235 |
| 9PLL TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-056) 提交 2025-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
284–465（182 aa）
|
未记录 | A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 9PLM TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021) 提交 2025-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
284–465（182 aa）
|
未记录 | A1CI1 (3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.178 |
| 9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.368 |
| 9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.368 |
| 9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.368 |
| 9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.368 |
| 9Q9P TRIM21 PRYSPRY bound to compound 37 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4X (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(2-methoxyphenyl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS
HCl pH 8.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.296 |
| 9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS
HCl pH 8.5
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.325 |
| 9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS
HCl pH 8.5
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.325 |
| 9Q9R TRIM21 PRYSPRY bound to compound 209 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
287–475（189 aa）
|
未记录 | A1I4W (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]phenyl]propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.6；291.15 K；20% (w/v) PEG-8000, 0.1M CHES pH 9.5 (final pH 9.6)
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.314 |
| 9QBA Human TRIM21 PRYSPRY domain in complex with AL236 提交 2025-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
287–465（179 aa）
|
未记录 | A1I41 ~{N}-(cyclohexylmethyl)-4-(4-fluoranyl-2-methylsulfanyl-phenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；2.3 M Sodium Chloride
0.1 M Sodium Citrate
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.162 |