当前蛋白身份：P20273
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5VKJ Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 提交 2017-04-21 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–330（311 aa）
片段：Extracellular domain residues 20-330
|
突变：N67A,N112A,N135A,N164A,N231A | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 4000, 0.2 M lithium chloride and 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.12 Å R-free 0.232 |
| 5VKM Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with alpha 2-6 sialyllactose 提交 2017-04-21 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–330（311 aa）
片段：Extracellular domain residues 20-330
|
突变：N67A,N112A,N135A,N164A,N231A | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；30% PEG 4000, 0.2 M lithium chloride and 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Q
22–330（309 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 R
22–330（309 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 S
22–330（309 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 T
22–330（309 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM
NaCl, 5mg/mL
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.295 |
| 9RM3 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 17 提交 2025-06-17 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–330（311 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 A1JJP (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[(2R,3R,4S,5R,6S)-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-6-(2-azanylethoxy)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(3-phenoxyphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.289 |
| 9RM3 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 17 提交 2025-06-17 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
20–330（311 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 A1JJP (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[(2R,3R,4S,5R,6S)-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-6-(2-azanylethoxy)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(3-phenoxyphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.289 |
| 9RM3 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 17 提交 2025-06-17 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
20–330（311 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 A1JJP (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[(2R,3R,4S,5R,6S)-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-6-(2-azanylethoxy)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(3-phenoxyphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.289 |
| 9RM3 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 17 提交 2025-06-17 | Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJP (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[(2R,3R,4S,5R,6S)-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-acetamido-6-(2-azanylethoxy)-2-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(3-phenoxyphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.289 |
| 9RO7 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 7-012 提交 2025-06-20 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJO (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-6-[(1S,2S)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-2-[[1-[(2R)-3-(2-methyl-5-nitro-imidazol-1-yl)-2-oxidanyl-propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.298 |
| 9RO7 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 7-012 提交 2025-06-20 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJO (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-6-[(1S,2S)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-2-[[1-[(2R)-3-(2-methyl-5-nitro-imidazol-1-yl)-2-oxidanyl-propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.298 |
| 9RO7 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 7-012 提交 2025-06-20 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJO (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-6-[(1S,2S)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-2-[[1-[(2R)-3-(2-methyl-5-nitro-imidazol-1-yl)-2-oxidanyl-propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.298 |
| 9RO7 Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 7-012 提交 2025-06-20 | Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJO (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-6-[(1S,2S)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-2-[[1-[(2R)-3-(2-methyl-5-nitro-imidazol-1-yl)-2-oxidanyl-propyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulphate
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.298 |
| 9ROB Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 1B 提交 2025-06-20 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJN (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[2,3-bis(chloranyl)phenyl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.267 |
| 9ROB Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with modified sialoside 1B 提交 2025-06-20 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
20–330（311 aa）
|
未记录 | A1JJN (2R,4S,5R,6R)-5-acetamido-2-[[2,3-bis(chloranyl)phenyl]methoxy]-6-[(1R,2R)-1,2-bis(oxidanyl)-3-[(4-phenylphenyl)carbonylamino]propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；24% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.267 |