当前蛋白身份：P21404
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 120 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 10 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 12 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120） 与蛋白数一致 |
链 1
568–866（299 aa）
片段：VP1
链 2
69–329（261 aa）
片段：VP2
链 3
330–567（238 aa）
片段：VP3
链 4
1–68（68 aa）
片段：VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
631–852（222 aa）
片段：UNP residues 631-852
链 B
331–568（238 aa）
片段：UNP residues 331-568
链 C
79–330（252 aa）
片段：UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
631–852（222 aa）
片段：UNP residues 631-852
链 B
331–568（238 aa）
片段：UNP residues 331-568
链 C
79–330（252 aa）
片段：UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
631–852（222 aa）
片段：UNP residues 631-852
链 B
331–568（238 aa）
片段：UNP residues 331-568
链 C
79–330（252 aa）
片段：UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
631–852（222 aa）
片段：UNP residues 631-852
链 B
331–568（238 aa）
片段：UNP residues 331-568
链 C
79–330（252 aa）
片段：UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
631–852（222 aa）
片段：UNP residues 631-852
链 B
331–568（238 aa）
片段：UNP residues 331-568
链 C
79–330（252 aa）
片段：UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 8AT5 native Coxsackievirus A9 提交 2022-08-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.25；PBS containing 2mM MgCl2, pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8AW6 Expanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment 提交 2022-08-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.25；DPBS containing 0.01% faf-BSA, pH 7.25, incubated at 37 C for 1 h
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8AXX Expanded Coxsackievirus A9 after treatment with endosomal ionic buffer 提交 2022-09-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.25；endosomal ionic composition buffer, pH 7.25, incubated at 37 C for 3 h
20 mM NaCl, 6 mM KH2PO4, 12 mM K2HPO4, 0.5 mM MgCl2, 0.45 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8S7J Coxsackievirus A9 bound with compound 20 (CL300) 提交 2024-03-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1H9Q ~{N}-[(4-methoxyphenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.26 Å |
| 9EXI Coxsackievirus A9 bound with compound 14 (CL275) 提交 2024-04-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–851（283 aa）
链 B
79–329（251 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1H8J 4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-N-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.31 Å |
| 9FA9 Coxsackievirus A9 bound with compound 16 (CL298) 提交 2024-05-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–851（283 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1IBS ~{N}-[(2-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.75 Å |
| 9FCZ Coxsackievirus A9 bound with compound 17 (CL301) 提交 2024-05-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–851（283 aa）
链 B
79–329（251 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1IB2 ~{N}-[(3-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.53 Å |
| 9FGN Coxsackievirus A9 bound with compound 18 (CL304) 提交 2024-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–850（282 aa）
链 B
79–328（250 aa）
链 C
332–567（236 aa）
链 D
2–68（67 aa）
|
未记录 | A1ICH ~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.64 Å |
| 9FO2 Coxsackievirus A9 bound with compound 15 (CL278) 提交 2024-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
79–329（251 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1IEI ~{N}-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.58 Å |
| 9FO5 Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) 提交 2024-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | A1IEH ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.69 Å |
| 9FP5 Coxsackievirus A9 bound with CL213. 提交 2024-06-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白数一致 |
链 A
569–867（299 aa）
链 B
70–330（261 aa）
链 C
331–568（238 aa）
链 D
2–69（68 aa）
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.50 Å |