当前蛋白身份：P22887
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B4S STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE H122G MUTANT 提交 1998-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G | PO4 PHOSPHATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.305 |
| 1B99 3'-FLUORO-URIDINE DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1999-02-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
链 B
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
链 C
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
链 D
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
链 E
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
链 F
1–155（155 aa）
片段：HEXAMER
|
未记录 | FUP 2',3'-DIDEOXY-3'-FLUORO-URIDIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.304 |
| 1BUX 3'-PHOSPHORYLATED NUCLEOTIDES BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1998-09-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
未记录 | PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 1F3F STRUCTURE OF THE H122G NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / D4T-TRIPHOSPHATE.MG COMPLEX 提交 2000-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G | MG MAGNESIUM ION × 6 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 D4D 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.50
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.234 |
| 1F6T STRUCTURE OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE/ALPHA-BORANO(RP)-TDP.MG COMPLEX 提交 2000-06-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 TBD 2*-DEOXY-THYMIDINE-5*-ALPHA BORANO DIPHOSPHATE (ISOMER RP) × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.50
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.274 |
| 1HHQ Role of active site resiude Lys16 in Nucleoside Diphosphate Kinase 提交 2000-12-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH7.5, 1 M AS, 20MM MGCL2 IN WELL: 2M AS, 50MM TRISHCL PH7.5, 20MM MGCL2, pH 7.50
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 1HIY Binding of nucleotides to NDP kinase 提交 2001-01-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
未记录 | 3AN 3'-DEOXY 3'-AMINO ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH8.5, 8.5MM 3'-AMINO-ADP,15-16% PEG550, 20MM MGCL2 IN WELL: 30-32% PEG550, 50MM TRISHCL PH8.5., pH 8.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.325 |
| 1HLW STRUCTURE OF THE H122A MUTANT OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 2000-12-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
|
突变：H122A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 600, Magnesium Chloride, Tris Hydrochloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 1KDN STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-09-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.179 |
| 1LEO P100S NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-05-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
6–155（150 aa）
|
突变：P100S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1LWX AZT DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1997-04-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
突变：N119A 突变：N119A 突变：N119A | MG MAGNESIUM ION × 4 AZD 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.280 |
| 1MN7 NDP kinase mutant (H122G;N119S;F64W) in complex with aBAZTTP 提交 2002-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
|
突变：H122G N119S F64W 突变：H122G N119S F64W | MG MAGNESIUM ION × 6 ABT 3'-AZIDO-3'-DEOXY-THYMIDINE-5'-ALPHA BORANO TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG550, mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.295 |
| 1MN9 NDP kinase mutant (H122G) complex with RTP 提交 2002-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G | MG MAGNESIUM ION × 6 RTP RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 550, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.249 |
| 1NCL THERMAL STABILITY OF HEXAMERIC AND TETRAMERIC NUCLEOSIDE, DIPHOSPHATE KINASES 提交 1996-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
6–155（150 aa）
|
突变：P105G | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1NDC X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DTDP AND MG2+ AT 2 A RESOLUTION 提交 1994-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 TYD THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1NDK X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1993-07-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1NDP ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE BINDING AND THE ACTIVE SITE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1993-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1NPK REFINED X-RAY STRUCTURE OF DICTYOSTELIUM NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AT 1,8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-07-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–155（154 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å |
| 1NSP MECHANISM OF PHOSPHATE TRANSFER BY NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE: X-RAY STRUCTURES OF A PHOSPHO-HISTIDINE INTERMEDIATE OF THE ENZYMES FROM DROSOPHILA AND DICTYOSTELIUM 提交 1995-04-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1PAE nucleoside diphosphate kinase 提交 2003-05-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 X
1–155（155 aa）
|
突变：H122C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SE SELENIUM ATOM × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 6000, magnesium chloride,Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.232 |
| 1S5Z NDP kinase in complex with adenosine phosphonoacetic acid 提交 2004-01-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
链 D
1–155（155 aa）
链 E
1–155（155 aa）
链 F
1–155（155 aa）
|
未记录 | SON ADENOSINE PHOSPHONOACETIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 2BEF CRYSTAL STRUCTURE OF NDP KINASE COMPLEXED WITH MG, ADP, AND BEF3 提交 1998-05-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；HANGING DROP, SEEDING, 32% PEG550, 50MM TRIS PH 7.5, 20MM MGCL2, 25MM NAF, 1MM BECL2
|
分辨率 2.30 Å |
| 3FKB Structure of NDPK H122G and tenofovir-diphosphate 提交 2008-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
链 D
1–155（155 aa）
链 E
1–155（155 aa）
链 F
1–155（155 aa）
|
突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G | TNM [(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-phosphonooxy-phosphinic acid × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 TNV [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.205 |
| 4C6A High Resolution Structure of the Nucleoside diphosphate kinase 提交 2013-09-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–155（154 aa）
|
突变：YES | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；26% PEG 1000, 100MM TRIS PH7.5
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.172 |
| 4CP5 ndpK in complex with (Rp)-SPMPApp 提交 2014-01-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–155（155 aa）
链 B
1–155（155 aa）
链 C
1–155（155 aa）
链 D
1–155（155 aa）
链 E
1–155（155 aa）
链 F
1–155（155 aa）
|
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES | EOI [[(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
26% PEG 1000 100MM TRIS PH7.5
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.246 |