当前蛋白身份：P23301
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3ER0 Crystal structure of the full length eIF5A from Saccharomyces cerevisiae 提交 2008-10-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–157（157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES, 30% PEG400, 0.1M MgCl2, 3% Glicerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.448 |
| 3ER0 Crystal structure of the full length eIF5A from Saccharomyces cerevisiae 提交 2008-10-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–157（157 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES, 30% PEG400, 0.1M MgCl2, 3% Glicerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.448 |
| 5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-MERIC（86） 待复核 |
链 f
1–157（157 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 580 OHX osmium (III) hexammine × 601 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
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分辨率 3.15 Å R-free 0.252 |
| 5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：81-meric（81） 待复核 |
链 f
1–157（157 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.301 |
| 5DGE Coping with proline stalling: structural basis of hypusine-induced protein synthesis by the eukaryotic ribosome 提交 2015-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 155 PDB 声明：165-meric（165） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–157（157 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1093 OHX osmium (III) hexammine × 1169 ZN ZINC ION × 16 SPS SPARSOMYCIN × 2 PRO PROLINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.263 |
| 5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：TRIMERIC（81） 待复核 |
链 f
1–157（157 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 OHX osmium (III) hexammine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.310 |
| 5GAK Yeast 60S ribosomal subunit with A-site tRNA, P-site tRNA and eIF-5A 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 q
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Details can be retrieved from EMD-3227
|
分辨率 3.88 Å |
| 5MC6 Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae 提交 2016-11-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 BT
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6Q84 Crystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex 提交 2018-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
16–157（142 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.247 |
| 6Q84 Crystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex 提交 2018-12-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
16–157（142 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.247 |
| 6TNU Yeast 80S ribosome in complex with eIF5A and decoding A-site and P-site tRNAs. 提交 2019-12-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 eI
4–157（154 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7NRC Structure of the yeast Gcn1 bound to a leading stalled 80S ribosome with Rbg2, Gir2, A- and P-tRNA and eIF5A 提交 2021-03-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 Ls
4–157（154 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8AAF Yeast RQC complex in state G 提交 2022-07-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8AGT Yeast RQC complex in state F 提交 2022-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8AGU Yeast RQC complex in state E 提交 2022-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8AGV Yeast RQC complex in state H 提交 2022-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8AGX Yeast RQC complex in state with the RING domain of Ltn1 in the IN position 提交 2022-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric（52） 待复核 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8AGZ Yeast RQC complex in state with the RING domain of Ltn1 in the OUT position 提交 2022-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 v
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 CE
1–157（157 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8Y0U dormant ribosome with STM1 提交 2024-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：77-meric（77） 与全部聚合物一致 |
链 5
1–157（157 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 281 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50mM HEPES, pH7.5, 100mM KOAc, 5mM Mg(OAc)2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |