6q84

Crystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 189.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin beta-like protein KAP122

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P32767

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–1081 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 × 1 (P23301) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–1081 未记录 GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 × 1 (P23301) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KA122_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1080; UniProt 2–1081 作者链 D; PDB构建体 1–1080; UniProt 2–1081

GTP-binding nuclear protein Ran

Homo sapiens

UniProt P62826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 5–180 突变:Q69L Importin beta-like protein KAP122 × 1 (P32767) Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 × 1 (P23301) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 5–180 突变:Q69L Importin beta-like protein KAP122 × 1 (P32767) Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 × 1 (P23301) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAN_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–176; UniProt 5–180 作者链 E; PDB构建体 1–176; UniProt 5–180

Eukaryotic translation initiation factor 5A-1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P23301

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 16–157 未记录 Importin beta-like protein KAP122 × 1 (P32767) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 16–157 未记录 Importin beta-like protein KAP122 × 1 (P32767) GTP-binding nuclear protein Ran × 1 (P62826) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;291 K;100 mM Sodium acetate pH 5.3 and 30% PEG 300 分辨率 3.70 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IF5A1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–142; UniProt 16–157 作者链 F; PDB构建体 1–142; UniProt 16–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6q84

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6q84
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6q84
沉积日期 deposition_date2018-12-14
结构标题 titleCrystal structure of RanGTP-Pdr6-eIF5A export complex
关键词 keywordsImportin-Beta family, biportin, nuclear export, translation factor, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.75
零角强度 I(0) i01221670000.00
分子量 molecular_weight301430.0 kDa
排除体积 excluded_volume381230 ų
包络体积 envelope_volume552050 ų
水化壳体积 shell_volume88467 ų
包络直径 envelope_diameter190.0
壳层 Rg shell_rg54.05
包络 Rg envelope_rg52.67
形状 Rg shape_rg53.78
总 Rg total_rg53.65
总原子数 total_atoms21207
残基数 n_residues2641
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax189.8
Rg (实空间) rg_real53.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.16
I(0) (实空间) i0_real1.2220e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1221000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8283
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.3
偏度 Skewness skewness0.503
峰度 Kurtosis kurtosis-0.343
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha159300000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.765

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6q84B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6q84C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id6q84C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id6q84E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6q84F01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id6q84F02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)