当前蛋白身份：P25368
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2MBY NMR Structure of Rrp7 C-terminal Domain 提交 2013-08-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
256–297（42 aa）
片段：UNP residues 256-297
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4M5D Crystal structure of the Utp22 and Rrp7 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2013-08-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 11 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；100mM sodium cacodylate pH 6.2-6.5, 30% (w/v) PEG 400, 200mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.238 |
| 5WLC The complete structure of the small subunit processome 提交 2017-07-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric（70） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 CA
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 CA
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 4.50 Å |
| 6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging
|
分辨率 3.40 Å |
| 6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric（70） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6LQR Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.60 Å |
| 6LQS Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State D) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6LQT Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State E) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6ZQD Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Post-A1 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 63 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6ZQE Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric（62） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.10 Å |
| 6ZQF Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-B (Poly-Ala) 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7AJU Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome) 提交 2020-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric（78） 与全部聚合物一致 |
链 CN
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7D4I Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F) 提交 2020-09-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7D5T Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state F1) 提交 2020-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7D63 Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state C) 提交 2020-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.30 Å |
| 7SUK Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells 提交 2021-11-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric（70） 与全部聚合物一致 |
链 NI
3–189（187 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.74 Å |
| 9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.17 Å |
| 9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.94 Å |
| 9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric（74） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.96 Å |
| 9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 NI
1–297（297 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |