当前蛋白身份：P28796
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AX4 TRYPTOPHANASE FROM PROTEUS VULGARIS 提交 1997-10-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.8；27 % PEG 4000, 0.1 M POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.8, 0.25 MM PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE, 5MM DTT, 0.1 M CSCL.
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.227 |
| 5W19 Tryptophan indole-lyase complex with oxindolyl-L-alanine 提交 2017-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 9TD 1-carboxy-1-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]azaniumyl}-2-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]ethan-1-ide × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；35 mM potassium phosphate, 0.05 M HEPES, 0.3 M KCl, 11% PEG 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 5W1B Tryptophan indole-lyase 提交 2017-06-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；35 mM potassium phosphate, 0.05 M HEPES, 0.3 M KCl, 11% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.252 |
| 8V2K Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-alanine 提交 2023-11-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 4 F0G (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PLI (2E)-2-{[(Z)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4(1H)-YLIDENE}METHYL]IMINO}PROPANOIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM pyrodoxal-5'-phosphate, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.231 |
| 8V4A Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine 提交 2023-11-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 YAE (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine × 2 YAR (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M Potassium phosphate, pH 8.0, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
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分辨率 1.96 Å R-free 0.224 |
| 8V6P Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with 7-aza-L-tryptophan 提交 2023-12-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 A1ACN (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-L-alanine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1ABZ (2E)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)propanoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.228 |
| 8V9P Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with (3S)-dioxindolyl-L-alanine 提交 2023-12-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 YQK (2~{E})-2-[(~{Z})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-[[oxidanyl-bis(oxidanylidene)-$l^{6}-phosphanyl]oxymethyl]-1~{H}-pyridin-4-ylidene]methyl]imino-3-[(3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-indol-3-yl]propanoic acid × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 22% PEG 4000, 0.2 M CsCl
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.247 |
| 9BLV Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-Trp and benzimidazole 提交 2024-05-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 BZI BENZIMIDAZOLE × 2 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PLT [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-L-TRYPTOPHANE × 1 A1A2Z N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-tryptophan × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8, 0.2 M CsCl, 22% PEG 4000
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.247 |
| 9BNJ Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase aminoacrylate complex with benzimidazole 提交 2024-05-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–467（467 aa）
链 B
1–467（467 aa）
链 C
1–467（467 aa）
链 D
1–467（467 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 BZI BENZIMIDAZOLE × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.180 |
| 9DY7 Proteus vulgaris tryptophan indole-lyase complexed with L-ethionine and Na+ 提交 2024-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
2–467（466 aa）
链 B
2–467（466 aa）
链 C
2–467（466 aa）
链 D
2–467（466 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ESC 2-AMINO-4-ETHYL SULFANYL BUTYRIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 4 YAR (2E)-4-(ethylsulfanyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}butanoic acid × 1 YAE (E)-S-ethyl-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-homocysteine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M potassium phosphate, pH 8.0, 1 mM DTT, 0.1 mM PLP, 0.2 M KCl, 22% PEG 4000
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.185 |