当前蛋白身份：P33755
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6JWH Yeast Npl4 zinc finger, MPN and CTD domains 提交 2019-04-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
113–580（468 aa）
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突变：E123A,K124A,E125A | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；4% Tacsimat (pH 6.0), 12% PEG 3350
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.193 |
| 6JWI Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin 提交 2019-04-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
113–580（468 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate
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分辨率 2.55 Å R-free 0.226 |
| 6JWI Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin 提交 2019-04-20 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
113–580（468 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.226 |
| 6JWJ Npl4 in complex with Ufd1 提交 2019-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
113–580（468 aa）
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突变：E123A,K124A,E125A | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP
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分辨率 1.58 Å R-free 0.206 |
| 6OA9 Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.
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分辨率 3.90 Å |
| 6OAA Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.
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分辨率 4.10 Å |
| 8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.00 Å |
| 8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.50 Å |
| 8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.80 Å |
| 8DAU Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
|
分辨率 3.70 Å |
| 8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
|
分辨率 3.50 Å |
| 8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 G
1–580（580 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.60 Å |
| 9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–580（580 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |