当前蛋白身份：P35956
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 B
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 E
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 F
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.253 |
| 3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 D
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 E
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 F
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.253 |
| 3HPG Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD: examples of open integrase dimer-dimer interfaces 提交 2009-06-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 B
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 C
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
链 D
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic core domains, UNP residues 823-1039
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；291 K；25-30% Jeffamine M600, 100mM Bis-Tris propane-HCl, pH6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.253 |
| 3HPH Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD 提交 2009-06-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039
链 B
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039
链 C
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039
链 D
823–1039（217 aa）
片段：N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.7-0.9M (NH4)2HPO4, 2.5% Jeffamine M600,100mM Bis-Tris propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.253 |
| 5LLJ Maedi-Visna virus (MVV) integrase C-terminal domain (residues 220-276) 提交 2016-07-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1039–1096（58 aa）
链 B
1039–1096（58 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M potassium sodium tartrate 0.1M BTP pH 7.5 20% PEG-3350
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.234 |
| 5M0R Cryo-EM reconstruction of the maedi-visna virus (MVV) strand transfer complex 提交 2016-10-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 A
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 B
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 C
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 D
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 E
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 F
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 G
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 H
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 I
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 J
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 K
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 L
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 M
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 N
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 O
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 P
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 8.20 Å |
| 5T3A Maedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275) 提交 2016-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
880–1101（222 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1M Mes pH6.0, 15-100mM calcium acetate and 15-21% PEG 400
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 7U32 MVV cleaved synaptic complex (CSC) intasome at 3.4 A resolution 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 A
1226–1506（281 aa）
链 B
1226–1506（281 aa）
链 C
1226–1506（281 aa）
链 D
1226–1506（281 aa）
链 E
1226–1506（281 aa）
链 F
1226–1506（281 aa）
链 G
1226–1506（281 aa）
链 H
1226–1506（281 aa）
链 I
1226–1506（281 aa）
链 J
1226–1506（281 aa）
链 K
1226–1506（281 aa）
链 L
1226–1506（281 aa）
链 M
1226–1506（281 aa）
链 N
1226–1506（281 aa）
链 O
1226–1506（281 aa）
链 P
1226–1506（281 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C
|
分辨率 3.46 Å |
| 7Z1Z MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 A
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 B
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 C
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 D
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 E
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 F
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 G
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 H
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 I
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 J
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 K
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 L
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 M
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 N
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 O
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 P
821–1101（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5；310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZPP Cryo-EM structure of the MVV CSC intasome at 4.5A resolution 提交 2022-04-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 A
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 B
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 C
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 D
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 E
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 F
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 G
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 H
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 I
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 J
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 K
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 L
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 M
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 N
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 O
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
链 P
1226–1506（281 aa）
片段：UNP residues 821-1101
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5；1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 4.50 Å |