当前蛋白身份：P37344
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2BJV Crystal Structure of PspF(1-275) R168A mutant 提交 2005-02-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2 M AMMONIUM FORMATE, 0.1 MM HEPES PH 8.0, 10% MPD
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 2BJW PspF AAA domain 提交 2005-02-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2.0 M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 10% MPD
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.208 |
| 2C96 Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.246 |
| 2C98 Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.203 |
| 2C99 Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.212 |
| 2C9C Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
突变：YES | MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.198 |
| 2VII PspF1-275-Mg-AMP 提交 2007-12-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–259（259 aa）
片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-259
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；0.1M TRIS-HCL PH 8.0, 2.0M AMMONIUM FORMATE, 10% MPD
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.241 |
| 4QNM CRYSTAL STRUCTURE of PSPF(1-265) E108Q MUTANT 提交 2014-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
突变：E108Q | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.203 |
| 4QNR CRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ATP 提交 2014-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
突变：E108Q | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.178 |
| 4QOS CRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ADP 提交 2014-06-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–265（265 aa）
片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
|
突变：E108Q | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.190 |
| 5NSS Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex 提交 2017-04-26 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octameric（8） 待复核 |
链 F
1–275（275 aa）
链 G
1–275（275 aa）
链 J
1–275（275 aa）
链 K
1–275（275 aa）
链 L
1–275（275 aa）
链 N
1–275（275 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 9Q90 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–275（275 aa）
链 2
1–275（275 aa）
链 3
1–275（275 aa）
链 4
1–275（275 aa）
链 5
1–275（275 aa）
链 6
1–275（275 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9Q91 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 6 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–259（259 aa）
链 2
1–259（259 aa）
链 3
1–259（259 aa）
链 4
1–259（259 aa）
链 5
1–259（259 aa）
链 6
1–259（259 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 9Q92 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 5 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–259（259 aa）
链 2
1–259（259 aa）
链 3
1–259（259 aa）
链 4
1–259（259 aa）
链 5
1–259（259 aa）
链 6
1–259（259 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 9Q93 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 4 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–259（259 aa）
链 2
1–259（259 aa）
链 3
1–259（259 aa）
链 4
1–259（259 aa）
链 5
1–259（259 aa）
链 6
1–259（259 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 9Q94 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 3 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–275（275 aa）
链 2
1–275（275 aa）
链 3
1–275（275 aa）
链 4
1–275（275 aa）
链 5
1–275（275 aa）
链 6
1–275（275 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 9Q95 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -10 to -1 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–275（275 aa）
链 2
1–275（275 aa）
链 3
1–275（275 aa）
链 4
1–275（275 aa）
链 5
1–275（275 aa）
链 6
1–275（275 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 9Q97 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 2 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–259（259 aa）
链 2
1–259（259 aa）
链 3
1–259（259 aa）
链 4
1–259（259 aa）
链 5
1–259（259 aa）
链 6
1–259（259 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 9Q98 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 1 提交 2025-02-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 1
1–259（259 aa）
链 2
1–259（259 aa）
链 3
1–259（259 aa）
链 4
1–259（259 aa）
链 5
1–259（259 aa）
链 6
1–259（259 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.30 Å |