当前蛋白身份：P38249
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–495（495 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
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分辨率 4.90 Å |
| 4K51 Crystal Structure of the PCI domain of eIF3a 提交 2013-04-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
276–494（219 aa）
片段：PCI, UNP residues 276-494
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG, buffer, salt, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.65 Å R-free 0.286 |
| 4K51 Crystal Structure of the PCI domain of eIF3a 提交 2013-04-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
276–494（219 aa）
片段：PCI, UNP residues 276-494
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；PEG, buffer, salt, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.286 |
| 4U1C Crystal structure of the eIF3a/eIF3c PCI-domain heterodimer 提交 2014-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
225–495（271 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG 6000, KSCN, Bis-Tris-propane
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分辨率 3.50 Å R-free 0.293 |
| 4U1D Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a 提交 2014-07-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–494（494 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG 3350, KSCN, Bis-Tris-propane
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分辨率 3.30 Å R-free 0.204 |
| 4U1D Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a 提交 2014-07-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–494（494 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG 3350, KSCN, Bis-Tris-propane
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.204 |
| 4U1D Structure of the PCI domain of translation initiation factor eIF3a 提交 2014-07-15 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–494（494 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG 3350, KSCN, Bis-Tris-propane
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.204 |
| 6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 o
5–492（488 aa）
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未记录 | 7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.15 Å |
| 6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric（47） 与全部聚合物一致 |
链 o
5–492（488 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.75 Å |
| 6ZCE Structure of a yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8CAH Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-initiation complex 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：48-meric（48） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8CAS Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 48S initiation complex (partial) 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å |
| 8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–964（964 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |