当前蛋白身份：P47075
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 14 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.250 |
| 3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 15 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.250 |
| 3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
链 B
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 29 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.250 |
| 3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 3G3T Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with orthophosphate 提交 2009-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；1 M Na+/K+ phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.235 |
| 3G3U Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate 提交 2009-02-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.241 |
| 3G3U Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate 提交 2009-02-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
189–480（292 aa）
片段：UNP residues 189-480
|
未记录 | POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.241 |
| 5IIG Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form A). 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–480（479 aa）
片段：SPX domain, UNP residues 2-480
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突变：E426N | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M Li2SO4
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分辨率 2.99 Å R-free 0.273 |
| 5IIQ Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form B). 提交 2016-03-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–480（479 aa）
片段：SPX domain- TTM domain, UNP residues 2-480
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M AmSO4, 4% PEG 1000
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.262 |
| 5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
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未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.247 |
| 5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.247 |
| 5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–178（178 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.247 |
| 5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01 | Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–178（178 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.247 |
| 5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–178（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl
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分辨率 3.29 Å R-free 0.302 |
| 5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–178（178 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.302 |
| 7YTJ Cryo-EM structure of VTC complex 提交 2022-08-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
2–721（720 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |
| 8I6V Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2023-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–721（721 aa）
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未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.06 Å |
| 9UMG Cryo-EM structure of VTC complex(Vtc5/Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
196–721（526 aa）
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突变：R264A,R266A,E426A | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；150mM NaCl, 25mM Tris-HCL, 0.0002m/v GDN, 1mM IP6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |