当前蛋白身份：P47709
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
41–170（130 aa）
片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN
|
突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.263 |
| 1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
41–170（130 aa）
片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN
|
突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.263 |
| 2CHD Crystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A 提交 2006-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
371–510（140 aa）
片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 371-510
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未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
25% PEG4000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH=4.6
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分辨率 1.92 Å R-free 0.269 |
| 2CM5 crystal structure of the C2B domain of rabphilin 提交 2006-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
519–684（166 aa）
片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1M HEPES PH 8.5,20 % PEG MME 2000 OR 20 % PEG 8000
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分辨率 1.28 Å R-free 0.194 |
| 2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
519–684（166 aa）
片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.268 |
| 2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
519–684（166 aa）
片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.268 |
| 3RPB THE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FACED DOMAIN 提交 1999-04-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
541–680（140 aa）
片段：C2B DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.1；304.5 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM
NMR样品组成
95% WATER/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 4LT7 Crystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex with a calcium 提交 2013-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
378–510（133 aa）
片段：C2 1 domain residues 378-510
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10 mM CaCl2, 150mM NaCl, 25mM HEPES ph 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.50 Å R-free 0.289 |
| 4NP9 Structure of Rabphilin C2A domain bound to IP3 提交 2013-11-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
378–510（133 aa）
片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510
|
未记录 | I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25-28% PEG 4K, 10-20mM Ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.250 |
| 4NS0 The C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2013-11-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
378–510（133 aa）
片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510
|
未记录 | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25mM Hepes, 20mM Ammonuim Sulphate, 25% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
536–680（145 aa）
片段：C2B domain, UNP Residues 536-680
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350
0.1M ammonium sulfate
50mM Tris pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.265 |
| 5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
536–680（145 aa）
片段：C2B domain, UNP Residues 536-680
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350
0.1M ammonium sulfate
50mM Tris pH 7.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.265 |
| 5LOB Structure of the Ca2+-bound Rabphilin3A C2B- SNAP25 complex (C2 space group) 提交 2016-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
536–680（145 aa）
链 B
536–680（145 aa）
链 C
536–680（145 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG3350
0.35 M Ammonium sulfate
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.286 |
| 5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
536–680（145 aa）
链 B
536–680（145 aa）
链 C
536–680（145 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350
0.35 M Ammonium sulfate
0.1 M Tris (pH 8.5)
al's oil
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 H
536–680（145 aa）
链 I
536–680（145 aa）
链 J
536–680（145 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 CA CALCIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350
0.35 M Ammonium sulfate
0.1 M Tris (pH 8.5)
al's oil
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |