当前蛋白身份：P48286
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BXE RIBOSOMAL PROTEIN L22 FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1998-10-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–113（113 aa）
|
突变：MET1MSE, MET64MSE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.219 |
| 1I4J CRYSTAL STRUCTURE OF L22 RIBOSOMAL PROTEIN MUTANT 提交 2001-02-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–113（113 aa）
链 B
1–113（113 aa）
|
突变：DEL(82-84) 突变：DEL(82-84) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.9M Sodium chloride, 3% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.255 |
| 4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 BS
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 5.50 Å |
| 4V4P Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. 提交 2005-01-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 AS
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.356 |
| 4V4R Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BW
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.371 |
| 4V4S Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-10-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BW
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.76 Å R-free 0.356 |
| 4V4T Crystal structure of the whole ribosomal complex with a stop codon in the A-site. 提交 2005-10-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 BW
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.46 Å R-free 0.361 |
| 4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 BV
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.323 |
| 4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 BV
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.326 |
| 4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 BV
1–113（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.51 Å R-free 0.345 |
| 4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC（54） 与全部聚合物一致 |
链 E8
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 652 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：54-MERIC（54） 与全部聚合物一致 |
链 A5
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 508 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 E8
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 A5
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 E8
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 A5
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 BW
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 DW
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 1W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1492 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 2W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1113 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 1W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1422 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 2W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 940 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 1W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1474 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 2W
1–113（113 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 955 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |