当前蛋白身份：P48836
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2K88 Association of subunit d (Vma6p) and E (Vma4p) with G (Vma10p) and the NMR solution structure of subunit G (G1-59) of the Saccharomyces cerevisiae V1VO ATPase 提交 2008-09-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–58（57 aa）
片段：G(1-59)subunit of V1Vo ATPase
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成
25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KWY Structure of G61-101 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
61–101（41 aa）
片段：UNP residues 61-101
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 AMBIENT
NMR样品组成
7 % D2O-1, 30 % [U-100% 2H] TFE-2, 25 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, Phosphate Buffer pH 6.8 | Phosphate Buffer pH 6.8
|
分辨率未提供 |
| 3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 6.90 Å |
| 3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 7.60 Å |
| 3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 8.30 Å |
| 4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 K
1–114（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.257 |
| 4DL0 Crystal Structure of the heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase 提交 2012-02-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–114（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 PBM TRIMETHYL LEAD ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；292 K；0.1 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M Glycine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.257 |
| 4EFA Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation 提交 2012-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–114（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.277 |
| 5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 J
2–114（113 aa）
链 L
2–114（113 aa）
链 N
2–114（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.309 |
| 5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 j
2–114（113 aa）
链 l
2–114（113 aa）
链 n
2–114（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.309 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 J
2–114（113 aa）
链 L
2–114（113 aa）
链 N
2–114（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 j
2–114（113 aa）
链 l
2–114（113 aa）
链 n
2–114（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride
|
分辨率 6.20 Å R-free 0.302 |
| 5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 6O7V Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 1 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 6O7W Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 2 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6O7X Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14） 与蛋白数一致 |
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.60 Å |
| 9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 H
1–114（114 aa）
链 J
1–114（114 aa）
链 L
1–114（114 aa）
|
突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag 突变：N-terminal FLAG tag | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |