当前蛋白身份：P49054
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1I5K STRUCTURE AND BINDING DETERMINANTS OF THE RECOMBINANT KRINGLE-2 DOMAIN OF HUMAN PLASMINOGEN TO AN INTERNAL PEPTIDE FROM A GROUP A STREPTOCOCCAL SURFACE PROTEIN 提交 2001-02-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
85–113（29 aa）
片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE)
链 D
85–113（29 aa）
片段：VEK-30 (30 RESIDUE INTERNAL PEPTIDE)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；23%(w/v) PEG 3350, 0.1 M Mes, 0.2 M Li2SO4, 2mM CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
85–113（29 aa）
片段：VEK-30
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 2DOI The X-ray crystallographic structure of the angiogenesis inhibitor, angiostatin, bound to a peptide from the group A streptococcus protein PAM 提交 2006-04-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–113（29 aa）
片段：VEK-30
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 8000, 0.1M potassium phophate (dihydrate), 5% dioxane, soaked in 5mM Pt(C5H5N)2Cl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.296 |
| 6OG4 plasminogen binding group A streptococcal M protein 提交 2019-04-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
76–150（75 aa）
片段：UNP residues 76-150
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate
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分辨率 1.70 Å R-free 0.220 |
| 6OKW Solution structure of VEK50 提交 2019-04-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 1 ug/mL DTT, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 6OKX Solution structure of VEK50RH1/AA 提交 2019-04-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
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突变：R101A, H102A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50RH1/AA, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL DTT, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 6OKY Solution structure of truncated peptide from PAMap53 提交 2019-04-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
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突变：R114A, H115A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Truncated peptide from PAMAP53, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 1 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 6OQ9 Solution structure of VEK50 in the bound form with plasminogen kringle 2 提交 2019-04-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
85–133（49 aa）
片段：residues 85-133
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50, 1.5 mM Kringle 2, 2 ug/mL DSS, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
| 6OQJ SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH1/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2 提交 2019-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–133（49 aa）
片段：residues 85-134
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突变：R19A, H20A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH1/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH1/AA], 1 mM plasminogen kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6OQK SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH2/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2 提交 2019-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–133（49 aa）
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突变：R32A, H33A | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen Kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH2/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH2/AA], 1.0 mM plasminogen Kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 8TVL Plasminogen binding group A streptococcus M-like protein from AP53 bound to human plasminogen 提交 2023-08-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
30–385（356 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, and 1.8 mM KH2PO4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |