当前蛋白身份：P53044
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ZC1 Ufd1 exhibits the AAA-ATPase fold with two distinct ubiquitin interaction sites 提交 2005-04-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–208（208 aa）
片段：N domain, residues 1-208
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6；307 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM Phosphate 50mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.2mM Ufd1 | 50mM Phosphate, 20mM NaCl,pH6.0
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分辨率未提供 |
| 6JWJ Npl4 in complex with Ufd1 提交 2019-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
288–305（18 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP
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分辨率 1.58 Å R-free 0.206 |
| 8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.00 Å |
| 8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.50 Å |
| 8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.80 Å |
| 8DAU Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
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分辨率 3.70 Å |
| 8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
|
分辨率 3.50 Å |
| 8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
1–361（361 aa）
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging
|
分辨率 3.60 Å |