当前蛋白身份：P54132
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2KV2 Solution Structure of the human BLM HRDC domain 提交 2010-03-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1210–1294（85 aa）
片段：HRDC domain, UNP residues 1210-1294
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BLM HRDC domain; 1mM DTT; 20mM HEPES; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BLM HRDC domain; 1mM DTT; 20mM HEPES; 100mM sodium chloride; 0.02% sodium azide; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MH9 Resonance assignment of RQC domain of human Bloom syndrome protein 提交 2013-11-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1067–1210（144 aa）
片段：UNP RESIDUES 1067-1210
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BLM RQC-1, 90 % H2O-2, 10 % D2O-3, 1 mM DTT-4, 20 mM Tris-5, 100 mM Sodium Chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RRD Structure of HRDC domain from human Bloom syndrome protein, BLM 提交 2010-07-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1200–1295（96 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成
0.5mM [U-98% 13C; U-98% 15N] BLM-1, 50mM TRIS-2, 100mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM [U-100% 15N] BLM-4, 50mM d11-TRIS-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] BLM-7, 50mM d11-TRIS-8, 100mM sodium chloride-9, 100% D2O | 100% D2O
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分辨率未提供 |
| 3WE2 Structure of BLM RQC domain bound to a phosphate ion 提交 2013-06-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1068–1209（142 aa）
片段：RecQ C-terminal (RQC) domain, UNP residues 1068-1209
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.4；293 K；20-25% PEG 4000, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium acetate, 100mM Tris-HCl, 15%(v/v) glycerol, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.271 |
| 3WE2 Structure of BLM RQC domain bound to a phosphate ion 提交 2013-06-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1068–1209（142 aa）
片段：RecQ C-terminal (RQC) domain, UNP residues 1068-1209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.4；293 K；20-25% PEG 4000, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium acetate, 100mM Tris-HCl, 15%(v/v) glycerol, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.271 |
| 3WE3 Structure of BLM RQC domain bound to an arsenate ion 提交 2013-06-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1068–1209（142 aa）
片段：RecQ C-terminal (RQC) domain, UNP residues 1068-1209
|
未记录 | ART ARSENATE × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.4；293 K；20-25% PEG 4000, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium acetate, 100mM Tris-HCl, 15%(v/v) glycerol, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 3WE3 Structure of BLM RQC domain bound to an arsenate ion 提交 2013-06-28 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1068–1209（142 aa）
片段：RecQ C-terminal (RQC) domain, UNP residues 1068-1209
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.4；293 K；20-25% PEG 4000, 50mM sodium phosphate, 150mM sodium acetate, 100mM Tris-HCl, 15%(v/v) glycerol, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 4CDG Crystal structure of the Bloom's syndrome helicase BLM in complex with Nanobody 提交 2013-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
636–1298（663 aa）
片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 636-1298
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1M MES PH 6.0, 22% PEG 20K
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.245 |
| 4CDG Crystal structure of the Bloom's syndrome helicase BLM in complex with Nanobody 提交 2013-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
636–1298（663 aa）
片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 636-1298
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
0.1M MES PH 6.0, 22% PEG 20K
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.245 |
| 4CGZ Crystal structure of the Bloom's syndrome helicase BLM in complex with DNA 提交 2013-11-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
636–1298（663 aa）
片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 636-1298
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
21% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.6, 5% 2-PROPANOL
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.259 |
| 4O3M Ternary complex of Bloom's syndrome helicase 提交 2013-12-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 A
640–1298（659 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；6-10% Isopropanol, 50mM MES, 10mM magnesium chloride., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.215 |
| 5MK5 Structures of DHBN domain of human BLM helicase 提交 2016-12-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
362–414（53 aa）
片段：UNP residues 362-414
链 B
362–414（53 aa）
片段：UNP residues 362-414
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 9 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；Tris-HCl 0.1M pH8.5
PEG 1500 26%
Glycerol 16%
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.297 |
| 5MK5 Structures of DHBN domain of human BLM helicase 提交 2016-12-02 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
362–414（53 aa）
片段：UNP residues 362-414
链 D
362–414（53 aa）
片段：UNP residues 362-414
|
未记录 | IOD IODIDE ION × 11 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；Tris-HCl 0.1M pH8.5
PEG 1500 26%
Glycerol 16%
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.297 |
| 7AUC Crystal structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomer（1） 与蛋白数一致 |
链 A
636–1070（435 aa）
链 A
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；Morpheus-HT, condition A8, Molecular Dimensions
0.06 M divalents, 37.5% Buffer System 2 and 37.5% Precipitant Mix 4
Divalents = 0.3M magnesium chloride, 0.3M calcium chloride
Buffer system 2 = 1M sodium HEPES, MOPS (acid) pH 7.5
75% Precipitant Mix 4 = 25% w/v MPD, 25% v/v PEG1000, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.208 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 F
636–1070（435 aa）
链 F
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
636–1070（435 aa）
链 A
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
636–1070（435 aa）
链 B
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 C
636–1070（435 aa）
链 C
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 D
636–1070（435 aa）
链 D
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7AUD Structure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM) 提交 2020-11-02 | Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：protein:DNA complex（2） 与全部聚合物一致 |
链 E
636–1070（435 aa）
链 E
1202–1298（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RY8 N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions.
0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1
NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate
Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5
60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.269 |
| 7XUW Crystal structure of RPA70N-BLMp2 fusion 提交 2022-05-20 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
550–570（21 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；278 K；8% PEG 4000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.217 |
| 7XV0 Crystal structure of RPA70N-BLMp1 fusion 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
146–165（20 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；278 K；2000 mM Ammonium sulfate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.200 |