当前蛋白身份：P54860
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2QIZ Structure of the yeast U-box-containing ubiquitin ligase Ufd2p 提交 2007-07-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
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突变：S102L, D677V | K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；20% PEG 3350, 0.2M tri-potassium citrate, 5mM DTT, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.276 |
| 2QJ0 Structure of the yeast U-box-containing ubiquitin ligase Ufd2p 提交 2007-07-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
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突变：S102L, D677V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；20% PEG 3350, 0.3M tri-ammonium citrate (pH 7.2), 0.1M sodium chloride, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.269 |
| 3M62 Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Rad23 提交 2010-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
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突变：S102L, D677V | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16-18% PEG 3500
200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.257 |
| 3M63 Crystal structure of Ufd2 in complex with the ubiquitin-like (UBL) domain of Dsk2 提交 2010-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
|
突变：S102L, D677V | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16-18% PEG 3500
200 mM Tripotassium citrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.270 |
| 9KHS Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked diUb (monomeric conformation) 提交 2024-11-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.31 Å |
| 9KHT cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked triUb (dimeric conformation) 提交 2024-11-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 A
1–955（955 aa）
链 a
1–955（955 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.85 Å |
| 9M7O Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-ub complex with K29triUb(monomeric conformation) 提交 2025-03-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–961（961 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.14 Å |